Los inhibidores químicos de la N4bp2l1 emplean diversos mecanismos para interferir en la función normal de esta proteína. La estaurosporina actúa obstruyendo las proteínas quinasas que intervienen en la fosforilación de los sustratos que interactúan con la N4bp2l1, lo que provoca su inhibición. Lo mismo ocurre con la Wortmannina y el LY294002, ambos dirigidos contra la fosfoinositida 3-kinasa (PI3K). Al inhibir la PI3K, estos compuestos pueden interrumpir las vías de señalización de fosforilación esenciales para la actividad de N4bp2l1. El PD98059 y el U0126 impiden la actividad de la proteína cinasa activada por mitógenos (MEK), que se encuentra aguas arriba de varias cascadas de señalización. La inhibición de MEK conduce a una menor fosforilación de proteínas corriente abajo que pueden incluir o regular N4bp2l1, disminuyendo así la actividad de N4bp2l1.
Además, SP600125 y SB203580 inhiben específicamente la c-Jun N-terminal quinasa (JNK) y la p38 MAP quinasa, respectivamente. Estas quinasas forman parte de vías de señalización que pueden contribuir al estado funcional de N4bp2l1, y su inhibición puede resultar en una reducción de la actividad de N4bp2l1. Por otra parte, se sabe que la PP2 y el Dasatinib se dirigen contra las tirosina quinasas. La PP2 inhibe las tirosina quinasas de la familia Src, mientras que el Dasatinib es un inhibidor de tirosina quinasas de más amplio espectro, y ambos conducen a la supresión de vías que implican la fosforilación en tirosina de proteínas en las que interviene la N4bp2l1. Además, la Rapamicina actúa sobre la vía mTOR, que está vinculada a la síntesis de proteínas y puede afectar indirectamente a las proteínas que regulan la N4bp2l1. Por último, el bortezomib y el MG132, ambos inhibidores del proteasoma, pueden provocar una acumulación de proteínas mal plegadas, lo que podría alterar los procesos y vías celulares que incluyen la N4bp2l1 y, por tanto, inhibir su función. Estos inhibidores químicos aclaran colectivamente la compleja red de interacciones reguladoras y vías de señalización que rigen la actividad de N4bp2l1.
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