Los inhibidores del MHC de clase IIβ, como se ha descrito anteriormente, comprenden un conjunto diverso de sustancias químicas que funcionan predominantemente influyendo en las vías y procesos celulares que rodean la presentación de antígenos del MHC de clase II, en lugar de dirigirse directamente a la propia proteína. Estas sustancias químicas suelen interferir con la intrincada maquinaria celular implicada en el procesamiento y la presentación de antígenos, lo que conduce a una actividad reducida o alterada del CMH de clase II.
Por ejemplo, la cloroquina y la leupeptina pueden obstruir el procesamiento de antígenos manipulando la acidificación endosomal y la degradación de proteínas, respectivamente. La Brefeldina A y la Monensina, por su parte, actúan sobre los mecanismos de transporte de la célula, limitando la presencia del CMH de clase II en la superficie celular, lo que afecta a la presentación del antígeno. Algunas de estas sustancias químicas, como la ciclosporina A y la rapamicina, son conocidas por sus profundos efectos sobre la activación y la proliferación de las células T, lo que ejerce una influencia indirecta sobre las respuestas inmunitarias mediadas por el CMH de clase II. Otros inhibidores, como el MG-132 y la Epoxomicina, se dirigen específicamente a los proteasomas, componentes esenciales de la vía de procesamiento de antígenos.
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