MBD3L2 puede influir en la expresión de esta proteína a través de varios mecanismos que implican alteraciones de la estructura de la cromatina y de los patrones de metilación del ADN. Compuestos como la 5-azacitidina y el RG108 pueden inhibir la metiltransferasa del ADN, lo que conduce a una reducción de los niveles de metilación en el genoma. Esta desmetilación puede dar lugar a un aumento de la expresión de MBD3L2 si las regiones reguladoras de la proteína en el ADN estaban previamente metiladas, lo que de otro modo suprimiría la transcripción. De forma similar, la Decitabina funciona como un análogo de la citidina que se integra en el ADN e inhibe la ADN metiltransferasa, lo que también puede dar lugar a un aumento de la expresión de MBD3L2. La cebularina actúa de forma similar, dirigiéndose a la ADN metiltransferasa para reducir la metilación en el locus MBD3L2. Por otra parte, la S-adenosilmetionina sirve como donante de metilo en varios procesos biológicos, incluida la metilación de histonas. Esta metilación puede activar la expresión génica, aumentando potencialmente la producción de MBD3L2 si la metilación de histonas cerca de su región promotora actúa como señal activadora.
Cambios en la metilación del ADN, el estado de acetilación de las histonas que rodean al gen MBD3L2 desempeña un papel crucial en su expresión. Los inhibidores de las HDAC, como la tricostatina A, el butirato sódico, el SAHA (vorinostat) y el disulfiram, pueden aumentar la acetilación de las histonas, lo que conduce a un estado de la cromatina más abierto y transcripcionalmente activo. Esta estructura relajada de la cromatina puede facilitar la unión de la maquinaria de transcripción a la región promotora de MBD3L2, promoviendo su expresión. El resveratrol interactúa con las sirtuinas para modular los procesos de desacetilación, que pueden afectar a la transcripción de MBD3L2. El mecanismo de la partenolida implica la inhibición del NF-κB, un factor conocido por reprimir la expresión génica. Al inhibir NF-κB, Parthenolide puede levantar los efectos represivos sobre MBD3L2, permitiendo su activación. Por último, el papel de la genisteína como inhibidor de la tirosina quinasa puede impedir la fosforilación de proteínas implicadas en la represión de MBD3L2, permitiendo así su activación.
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