La forskolina, mediante la estimulación de la adenilato ciclasa, y el IBMX, a través de la inhibición de las fosfodiesterasas, elevan los niveles de nucleótidos cíclicos, AMPc y GMPc, que son segundos mensajeros cruciales en la señalización celular. La elevación de estas moléculas activa las proteínas quinasas A y G (PKA y PKG), que pueden fosforilar y modificar así la actividad de un amplio espectro de proteínas. Los ésteres de forbol, como el PMA, son conocidos activadores de la proteína cinasa C (PKC), que fosforila proteínas y altera sus funciones.
Los moduladores del calcio, como la Ionomicina, el A23187 y el Thapsigargin, alteran la homeostasis del calcio, que es una entidad de señalización universal que influye en una miríada de proteínas de unión al calcio y en las quinasas y fosfatasas asociadas. El ácido retinoico y la 5-azacitidina ejercen sus efectos a nivel genómico, alterando la expresión génica y, por tanto, la síntesis y la actividad de las proteínas. El dibutiril-cAMP actúa como un imitador sintético del AMPc, activando directamente la PKA, mientras que el butirato sódico, al inhibir las histonas desacetilasas, afecta a la estructura de la cromatina y a la expresión génica. Se ha descubierto que la cloroquina afecta a procesos celulares como la autofagia, lo que puede tener efectos secundarios sobre la actividad de las proteínas.
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