Los inhibidores de la LOC729005 Wortmannin y LY294002 se dirigen a la PI3K, una cinasa fundamental en la señalización celular, afectando potencialmente a las proteínas reguladas por esta vía. Su unión impide la actividad cinasa de PI3K, influyendo así en los acontecimientos de señalización posteriores. La rapamicina, al unirse a mTOR, actúa amortiguando la vía de mTOR, que es parte integrante de la síntesis proteica y la proliferación celular. Esta interacción puede provocar una cascada de efectos sobre las proteínas reguladas por la señalización mTOR. Compuestos como el SB203580 y el PD98059 muestran selectividad hacia las MAP quinasas, fundamentales en las respuestas celulares a los estímulos extracelulares. El SB203580 inhibe la cinasa MAP p38, mientras que el PD98059 se dirige a la MEK, un regulador anterior de las cinasas MAP, modulando así el estado de fosforilación y la actividad de proteínas posteriores a estas cinasas. SP600125 y U0126, al inhibir JNK y MEK1/2 respectivamente, alteran la trayectoria de señalización de sus respectivas vías, afectando potencialmente a las proteínas que responden al estrés y a las señales mitogénicas controladas por estas quinasas.
La tricostatina A y la 5-azacitidina median en los cambios de la expresión génica modificando la estructura de la cromatina y el estado de metilación del ADN, respectivamente. La tricostatina A inhibe las HDAC, afectando a la acetilación de las histonas y, por tanto, a la transcripción de los genes, lo que a su vez puede influir en la expresión y la función de las proteínas. La 5-azacitidina, al incorporarse a los ácidos nucleicos, induce la hipometilación del ADN, lo que provoca cambios en los perfiles de expresión génica que pueden afectar a la regulación de las proteínas. La brefeldina A, la ciclosporina A y la tapsigargina interactúan con distintas dianas celulares implicadas en el procesamiento de proteínas y la señalización intracelular. La brefeldina A altera el transporte de proteínas inhibiendo la función del Golgi, lo que puede afectar a la localización y función de proteínas que dependen de la vía secretora. La ciclosporina A se une a la calcineurina, lo que afecta a la activación de las células T y a las actividades proteínicas subsiguientes dentro de la cascada de señalización inmunitaria. Laapsigargina, al inhibir las bombas SERCA, eleva los niveles de calcio citosólico, afectando así a las proteínas sensibles a la señalización del calcio.
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