El A-769662 y el Rolipram ejercen su influencia modulando la AMPK y la PDE4 respectivamente, ambas implicadas en la regulación del AMPc, un segundo mensajero con amplias implicaciones en la función proteica. El SB 216763 y el inhibidor IX de GSK-3 pueden afectar a la vía de señalización Wnt/β-catenina actuando sobre GSK-3β, lo que influye en la actividad de proteínas implicadas en el crecimiento y la diferenciación celular. La inhibición de ROCK por Y-27632 puede afectar a las proteínas asociadas con el citoesqueleto y la motilidad celular, mientras que la acción de BIX 01294 sobre las histonas metiltransferasas puede alterar los perfiles de expresión génica, afectando indirectamente a los niveles de proteínas. El PD0325901 y la Puerarina pueden modular las vías de señalización MAPK/ERK y PI3K/Akt respectivamente, influyendo en la función de una variedad de proteínas reguladas por estas vías.
La acción de ZM-447439 sobre la Aurora quinasa afecta a las proteínas implicadas en la división celular, y la inhibición de PI3K por LY294002 influye en la actividad de las proteínas corriente abajo en la supervivencia y proliferación celular. El MG132, al inhibir el proteasoma, puede dar lugar a la acumulación de proteínas que normalmente se destinan a la degradación, aumentando potencialmente la actividad de esas proteínas. SP600125, mediante la inhibición de JNK, puede modular las proteínas implicadas en las respuestas al estrés y la apoptosis.
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