La clase química conocida como inhibidores de IκB-ε engloba una serie de compuestos que, aunque no se dirigen directamente a IκB-ε, ejercen sus efectos inhibidores a través de la modulación de diversas vías de señalización que son parte integrante de la función de IκB-ε. Estos compuestos lo consiguen actuando sobre distintos aspectos de la vía del NF-κB o sobre procesos celulares relacionados. Por ejemplo, inhibidores como BAY 11-7082 e IKK-16 se centran en impedir la activación de NF-κB inhibiendo la fosforilación y degradación de las proteínas IκB, incluida IκB-ε. Por otro lado, los inhibidores del proteasoma como Bortezomib dificultan el proceso de degradación de IκB-ε fosforilada, influyendo así en su función en la vía de señalización NF-κB.
Además, compuestos como SP600125, SB203580 y PD98059 se dirigen a varias MAP quinasas, que desempeñan un papel fundamental en las cascadas de señalización que se entrecruzan con las vías del NF-κB. La modulación de estas quinasas afecta indirectamente al papel de IκB-ε en la señalización NF-κB. Otros compuestos como la hidroxicloroquina y la anakinra influyen en la actividad del NF-κB a través de sus efectos sobre los receptores Toll-like y la señalización por citocinas, respectivamente. Los inhibidores de las especies reactivas del oxígeno, como la N-acetilcisteína, y los moduladores de la señalización del calcio, como el verapamilo, también influyen indirectamente en la función de IκB-ε.
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