Los inhibidores químicos de la GM2-AP pueden ejercer sus efectos inhibidores a través de varios mecanismos que afectan al entorno lipídico de la proteína y al tráfico celular. La metil-β-ciclodextrina afecta a la funcionalidad de la GM2-AP al extraer el colesterol de las membranas celulares, alterando así las balsas lipídicas en las que la GM2-AP es activa. Del mismo modo, la filipina se une al colesterol, perturbando las balsas lipídicas y, en consecuencia, inhibiendo las actividades de GM2-AP asociadas a las balsas. El U18666A interrumpe el tráfico intracelular de colesterol, lo que provoca su acumulación y la posible alteración de los microambientes ricos en colesterol cruciales para la actividad de GM2-AP. La genisteína inhibe las tirosina quinasas que pueden estar implicadas en la localización y función de la GM2-AP, lo que sugiere un medio indirecto de inhibición a través de la interferencia con el tráfico de proteínas y las vías de señalización celular. La progesterona modula el metabolismo de los esfingolípidos, lo que puede afectar a la GM2-AP al alterar la composición lipídica de las membranas en las que funciona la GM2-AP.
Tanto la clorpromazina como la imipramina actúan como inhibidores de la esfingomielinasa ácida, que a su vez puede provocar cambios en la composición lipídica, afectando indirectamente a la GM2-AP al alterar sus procesos dependientes de lípidos. GW4869 inhibe de forma similar la esfingomielinasa ácida, influyendo en la composición lipídica y potencialmente en los dominios de la balsa lipídica esenciales para la actividad de GM2-AP. NB-DNJ y D-PDMP son inhibidores de la glucosilceramida sintasa, que pueden afectar a GM2-AP reduciendo la síntesis de glicoesfingolípidos, afectando así al conjunto de sustratos lipídicos necesarios para la función de GM2-AP. El Thapsigargin altera la homeostasis del calcio inhibiendo la ATPasa Ca2+ del retículo sarco/endoplásmico, lo que puede afectar a la GM2-AP modificando su conformación o tráfico, procesos que dependen del calcio. Por último, la bafilomicina A1 inhibe la H+-ATPasa de tipo vacuolar, lo que puede aumentar el pH lisosomal, afectando negativamente al entorno ácido que la GM2-AP necesita para un funcionamiento óptimo.
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