La actividad de FAM90A puede verse influida por varios activadores químicos a través de distintas vías de señalización. Una de estas vías implica la elevación del AMPc intracelular, que es un segundo mensajero clave en diversas respuestas celulares. Se sabe que el aumento de los niveles de AMPc activa la proteína cinasa A (PKA), una cinasa que puede fosforilar multitud de proteínas. Esta cascada de activación se inicia mediante compuestos que estimulan directamente la adenilil ciclasa o imitan el AMPc, lo que conduce a la subsiguiente activación de la PKA. A medida que la PKA se activa, puede fosforilar FAM90A, aumentando así su actividad funcional. Además, la vía beta-adrenérgica, que también culmina en la elevación de los niveles de AMPc, puede ser desencadenada por agonistas específicos, activando posteriormente la PKA y aumentando potencialmente la fosforilación y la actividad de FAM90A. Además, la modulación de los niveles de calcio intracelular puede activar las proteínas quinasas dependientes de calcio, que a su vez podrían dirigirse a FAM90A para su fosforilación, sirviendo como otro mecanismo para su activación.
Otra vía para la activación de FAM90A implica la inhibición de proteínas fosfatasas como PP1 y PP2A. Ciertas toxinas que inhiben estas fosfatasas dan lugar a un aumento general del estado de fosforilación de las proteínas celulares, entre las que podría encontrarse FAM90A, lo que llevaría a su mayor actividad. Las vías de respuesta al estrés también desempeñan un papel en la activación de FAM90A, ya que algunos compuestos pueden activar proteínas quinasas activadas por el estrés como JNK, que se sabe que fosforilan varias proteínas diana. Además, la inhibición de enzimas específicas como GSK-3 puede conducir a la inducción de vías de señalización que pueden influir indirectamente en la actividad de FAM90A. GSK-3 está implicada en una amplia gama de funciones celulares, y su inhibición puede resultar en la estabilización y activación de varias proteínas a través de la prevención de su degradación o a través de la iniciación de cascadas de señalización alternativas. Por ejemplo, la vía de señalización Wnt, cuando se activa mediante la inhibición de GSK-3, puede conducir a la acumulación y translocación de β-catenina al núcleo, donde puede influir en la transcripción de genes que pueden incluir los que codifican FAM90A o proteínas que modulan su actividad.
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