Los inhibidores químicos de C12orf44 se dirigen a varias etapas de la vía de la autofagia en la que esta proteína es un actor clave. Por ejemplo, se sabe que la 3-metiladenina inhibe la autofagia al bloquear la formación de autofagosomas, un paso crucial en el que interviene C12orf44. Del mismo modo, Wortmannin y LY294002 son inhibidores de PI3K que impiden la vía de señalización PI3K/AKT, crucial para la autofagia, inhibiendo así indirectamente las actividades de C12orf44. Spautin-1 se dirige a las peptidasas ubiquitina-específicas que forman parte del proceso de autofagia, y al hacerlo, puede restringir el papel funcional de C12orf44. La cloroquina y la bafilomicina A1 dificultan la fusión entre los autofagosomas y los lisosomas, un proceso que depende del correcto funcionamiento de las proteínas relacionadas con la autofagia, incluida la C12orf44. La concanamicina A actúa de forma similar a la bafilomicina A1, interrumpiendo la vía de la autofagia aguas abajo de la actividad del C12orf44.
Además, el Thapsigargin altera la homeostasis del calcio celular, que es otro factor importante en la regulación de la autofagia, y es probable que esta alteración inhiba las funciones de C12orf44 relacionadas con la autofagia. Lys05, como inhibidor lisosomal dual, interrumpe los procesos autofágicos, incluida la maduración de los autofagosomas, en los que C12orf44 desempeña un papel. MHY1485 activa mTOR, que es un regulador negativo de la autofagia, y tal activación puede inhibir la función del complejo ULK1 que incluye C12orf44, impidiendo así su papel en la iniciación de la autofagia. Autophinib, inhibiendo la formación de autofagosomas, puede suprimir la función de C12orf44, que es imprescindible para este proceso. Por último, SBI-0206965, inhibiendo la actividad de la quinasa ULK1, puede restringir la iniciación de la autofagia, inhibiendo así las actividades funcionales de C12orf44 que están asociadas con esta etapa temprana del proceso autofágico. Cada una de estas sustancias químicas, a través de sus distintas acciones en la vía de la autofagia, puede impedir el papel funcional de C12orf44 en este proceso celular esencial.
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