Los inhibidores de la ATP9B pueden actuar modulando la homeostasis del calcio, la glicosilación y el transporte de proteínas dentro de las células, así como alterando el metabolismo y el transporte de lípidos. Laapsigargina, un inhibidor de la bomba SERCA, altera la homeostasis del calcio en el retículo endoplásmico, lo que provoca un aumento de los niveles de calcio citosólico que puede afectar a la actividad de translocación de fosfolípidos de ATP9B. La tunicamicina, un inhibidor de la glicosilación ligada a N, y la brefeldina A, que inhibe el transporte de proteínas del retículo endoplásmico al aparato de Golgi, podrían alterar el estado de glicosilación y la localización de ATP9B, respectivamente, afectando así a su función. Los ionóforos como la monensina y la nigericina interrumpen los gradientes iónicos a través de las membranas celulares, lo que podría interferir con la actividad de transporte de fosfolípidos de ATP9B.
Además, la ATP9B puede ser inhibida indirectamente por sustancias químicas que alteran el metabolismo lipídico y la señalización. Wortmannin y LY294002, ambos inhibidores de la fosfoinositida 3-kinasa (PI3K), agotan los lípidos PIP2 y PIP3 que podrían ser sustratos para ATP9B. En consecuencia, la disponibilidad de estos lípidos podría ser un factor determinante de la actividad de ATP9B. El U73122, un inhibidor de la fosfolipasa C, impide la formación de IP3 y DAG a partir de PIP2, lo que podría alterar la disponibilidad de sustratos para la ATP9B, inhibiendo así su función.
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