Los inhibidores químicos de la ATP11B pueden impedir la función de la proteína a través de diversos mecanismos, todos ellos convergentes en la inhibición de la actividad ATPasa que es fundamental para su función. La uabaína y la digoxina, por ejemplo, ejercen su efecto inhibidor dirigiéndose específicamente a la Na+/K+-ATPasa, que a su vez puede afectar indirectamente a la ATP11B debido a la dependencia compartida de los gradientes iónicos que son cruciales para mantener la actividad ATPasa. La función adecuada de la ATP11B depende del potencial electroquímico a través de las membranas celulares, y la alteración de estos gradientes iónicos por la ouabaína y la digoxina puede inhibir su actividad. Elapsigargina actúa como inhibidor de las bombas SERCA, lo que provoca una alteración de la homeostasis del calcio; este cambio puede afectar negativamente a la ATP11B si la función de la proteína está regulada por la señalización del calcio. La brefeldina A interrumpe el tráfico de proteínas dentro del aparato de Golgi, lo que puede impedir la correcta localización y función de la ATP11B, ya que su funcionamiento puede depender de un tráfico celular correcto para desempeñar su función.
Además, la monensina, como ionóforo de sodio, interrumpe los gradientes iónicos, que son fundamentales para la actividad ATPasa dependiente de iones de la ATP11B. Esta alteración puede conducir a la inhibición funcional de la ATP11B. El vanadato actúa como un análogo del fosfato y puede desestabilizar el ciclo de fosforilación de la ATP11B, inhibiendo su actividad al interrumpir la unión y la hidrólisis del ATP. La oligomicina, aunque tradicionalmente es un inhibidor de las ATPasas de tipo F, puede afectar indirectamente a la ATP11B al interrumpir los gradientes de protones, que son potencialmente vitales para la utilización energética de la ATP11B. La azida interfiere con las ATPasas impidiendo el proceso de fosforilación, que es esencial para la hidrólisis de ATP por la ATP11B. El verapamilo, como bloqueante de los canales de calcio, puede inhibir indirectamente la ATP11B si la proteína requiere niveles de calcio muy ajustados para su funcionamiento. El fluoruro de berilio compite con el ATP en el sitio activo de la ATP11B, inhibiendo potencialmente la fosforilación necesaria para la hidrólisis del ATP. La catequina, conocida por inhibir las ATPasas, puede unirse a la ATP11B, interfiriendo así con la unión o hidrólisis del ATP e inhibiendo la función de la proteína. Por último, la N-etilmaleimida, que alquila los grupos tiol, puede modificar los residuos de cisteína e inhibir las ATPasas, afectando potencialmente a la función catalítica de la ATP11B al alterar su sitio activo.
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