Los inhibidores químicos de la acil-CoA tioesterasa 3 utilizan diversos mecanismos para reducir la actividad de la proteína. La triacsina C se dirige directamente a la vía de biosíntesis de acil-CoA mediante la inhibición de la acil-CoA sintetasa de cadena larga, lo que conduce a una menor disponibilidad del sustrato de acil-CoA necesario para la función enzimática de la acil-CoA tioesterasa 3. Del mismo modo, el AICAR activa la proteína cinasa activada por AMP, que a su vez potencia la oxidación de los ácidos grasos, lo que provoca el agotamiento de los sustratos de acil-CoA y la consiguiente disminución de la actividad de la acil-CoA tioesterasa 3. El Ácido Nicotínico actúa en sentido ascendente inhibiendo la lipólisis, que es la descomposición de los lípidos en ácidos grasos libres, lo que conduce posteriormente a una menor producción de moléculas de acil-CoA. De este modo, el ácido nicotínico limita indirectamente la disponibilidad de sustrato para la acil-CoA tioesterasa 3.
La Perhexilina, el Etomoxir, la Oxfenicina y el Malonil-CoA comparten un mecanismo común de inhibición de la carnitina palmitoiltransferasa-1 (CPT-1), una enzima crítica para el transporte de acil-CoAs a la mitocondria para su β-oxidación. Esta inhibición conduce a una acumulación de acil-CoAs en el citosol. Los altos niveles resultantes de acil-CoAs pueden saturar la acil-CoA tioesterasa 3 e impedir su función debido a la inhibición del sustrato. Por otra parte, el Mildronato inhibe la gamma-butirobetaína hidroxilasa, lo que reduce la síntesis de carnitina, disminuyendo así el transporte de acil-CoA a la mitocondria y reduciendo indirectamente la actividad de la acil-CoA tioesterasa 3 al limitar su sustrato. La guggulsterona afecta al metabolismo de los lípidos, lo que puede provocar una disminución de la síntesis de acil-CoA y la consiguiente reducción de la actividad de la acil-CoA tioesterasa 3 al disminuir la disponibilidad de sustrato. El fenofibrato activa el receptor alfa activado por el proliferador de peroxisomas, que regula la oxidación de los ácidos grasos, lo que puede provocar una reducción de los niveles de acil-CoA y una inhibición indirecta de la acil-CoA tioesterasa 3. La curcumina influye en varias vías metabólicas que pueden dar lugar a una alteración de los niveles de acil-CoA, afectando de nuevo a la actividad de la acil-CoA tioesterasa 3. Estos diversos compuestos, a través de sus distintas acciones, contribuyen a la modulación de la actividad de la acil-CoA tioesterasa 3 al afectar a los niveles de sus sustratos.
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