Las clases químicas conocidas como inhibidores de FAAP20 engloban una serie de compuestos que, aunque no se dirigen directamente a FAAP20, pueden incidir en la vía de FA y los procesos de reparación del ADN relacionados en los que FAAP20 está implicado. Estos compuestos son diversos y afectan a varios pasos de la respuesta al daño y la reparación del ADN. Por ejemplo, agentes como la Mitomicina C y el Cisplatino funcionan induciendo entrecruzamientos del ADN, que pueden sobrecargar la maquinaria de reparación del ADN, disminuyendo así potencialmente la eficacia de las actividades relacionadas con FAAP20. Del mismo modo, los inhibidores de la topoisomerasa, como el etopósido y la camptotequina, provocan roturas en el ADN que pueden saturar la vía de la FA, afectando al papel de FAAP20 dentro de esta compleja red.
Otros compuestos de esta clase química incluyen la Hidroxiurea y la Aphidicolina, que se dirigen a las enzimas de síntesis y replicación del ADN, causando un estrés de replicación que puede desafiar indirectamente la vía FA y el funcionamiento de FAAP20. B02, un inhibidor de RAD51, interfiere con la recombinación homóloga, un proceso de reparación en el que FAAP20 desempeña un papel. La tricostatina A, al modificar la estructura de la cromatina, podría influir en la eficacia de la vía FA. Los inhibidores de DNA-PKcs y ATR como Nu7441 y VE-821, respectivamente, dificultan la reparación de las roturas de doble cadena del ADN y las respuestas al estrés de replicación, afectando potencialmente a la función de FAAP20 en estas vías. Por otra parte, el olaparib, un inhibidor de PARP, atrapa a PARP1 en el ADN, provocando el estancamiento de la horquilla de replicación y las subsiguientes roturas de doble cadena, aumentando así la carga de la maquinaria de reparación del ADN, incluidas las vías en las que interviene FAAP20. Por último, Mirin inhibe el complejo MRE11-RAD50-NBS1, un sensor clave de las roturas de doble cadena del ADN, lo que podría presionar indirectamente la vía de la FA y la función de FAAP20.
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