Chemische Inhibitoren von ZNRF1 wirken, indem sie die Aktivität von Enzymen modulieren, die Proteine phosphorylieren, die mit dieser Ubiquitin-Ligase interagieren. So können beispielsweise GSK-3-Inhibitoren wie SB-216763, LiCl, BIO, CHIR99021, Indirubin-3'-Monoxim, TWS119, AR-A014418, Tideglusib und AZD1080 die Phosphorylierung von Substraten hemmen, die für die Funktion von ZNRF1 eine Rolle spielen könnten. Indem sie die Anlagerung von Phosphatgruppen an diese Substrate verhindern, können die Inhibitoren die Interaktion zwischen ZNRF1 und seinen Substraten verändern. GSK-3 ist dafür bekannt, dass es verschiedene Proteine zur Phosphorylierung ansteuert, die dann mit ZNRF1 interagieren können, was dessen Fähigkeit, diese Proteine mit Ubiquitin zu markieren, beeinträchtigt. Ohne die entsprechenden Phosphorylierungssignale werden die üblichen Ziele von ZNRF1 möglicherweise nicht richtig erkannt, was zu einem Rückgang der von ZNRF1 vermittelten Ubiquitinierung führt.
Andererseits haben HDAC-Inhibitoren wie Valproinsäure, Trichostatin A und Vorinostat einen anderen Wirkmechanismus. Sie hemmen nicht direkt die Kinaseaktivität, sondern verändern stattdessen den Acetylierungsstatus von Proteinen. Die Veränderung der Acetylierung kann die Protein-Protein-Interaktionen beeinflussen, die für die Funktion von ZNRF1 entscheidend sind. Proteine, die normalerweise von ZNRF1 ubiquitiniert werden, können veränderte Acetylierungsmuster aufweisen, was sich darauf auswirken kann, wie ZNRF1 diese Substrate erkennt und verarbeitet. Indem sie die Acetylierungslandschaft dieser Proteine verändern, können HDAC-Inhibitoren die normale Funktion von ZNRF1 stören, was zu einer reduzierten Ubiquitinierung seiner Ziele führt. Diese Modulation der Proteinacetylierung dient als indirekter Weg, die Aktivität von ZNRF1 zu regulieren, ohne direkt mit seiner Substratbindung oder Ubiquitin-Ligase-Aktivität zu konkurrieren.
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