Chemische Inhibitoren von ZFP100 wirken durch Modulation verschiedener Signalwege, die für die Aktivität des Proteins entscheidend sind. Chelerythrin und GF109203X können als Proteinkinase-C (PKC)-Inhibitoren die Phosphorylierungsvorgänge hemmen, die für die Funktion von ZFP100 wesentlich sind. Da PKC bekanntermaßen eine Vielzahl von Substraten phosphoryliert, können diese Inhibitoren die Aktivierung von ZFP100 verhindern, was zu seiner Funktionshemmung führt. In ähnlicher Weise zielen die Inhibitoren PD 98059, U0126 und SL327 auf die mitogen-aktivierte Proteinkinase-Kinase (MEK) ab, die dem Weg der extrazellulären signalregulierten Kinase (ERK) vorgeschaltet ist. Da ERK häufig an der Phosphorylierung von Transkriptionsfaktoren beteiligt ist, können diese Inhibitoren die ERK-Aktivierung verhindern, was wiederum dazu führt, dass ZFP100 nicht voll funktionsfähig wird.
Darüber hinaus sind LY294002 und Wortmannin Phosphoinositid-3-Kinase (PI3K)-Inhibitoren. Durch die Hemmung von PI3K können diese Verbindungen die Aktivität des AKT-Signalwegs verringern, was zu einer funktionellen Hemmung von ZFP100 führen kann, wenn es für seine Aktivierung auf diesen Weg angewiesen ist. Y-27632, ein Inhibitor der Rho-assoziierten Proteinkinase (ROCK), kann die Dynamik des Aktin-Zytoskeletts beeinträchtigen und möglicherweise ZFP100 hemmen, wenn seine Funktion mit diesen zellulären Strukturen zusammenhängt. Außerdem hemmen SP600125 und SB203580 selektiv die c-Jun N-terminale Kinase (JNK) bzw. die p38 MAP-Kinase. Diese Kinasen sind Teil der MAPK-Signalwege, die die Aktivität verschiedener Proteine, einschließlich ZFP100, beeinflussen können. PP2 schließlich hemmt Tyrosinkinasen der Src-Familie, die zahlreiche Signalwege modulieren können, während KN93 auf die Calcium/Calmodulin-abhängige Proteinkinase II (CaMKII) abzielt. Wenn die Aktivität von ZFP100 durch Kalzium-Signalwege oder Src-Kinase-vermittelte Wege moduliert wird, kann die Hemmung durch KN93 und PP2 zu seiner funktionellen Hemmung führen.
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