Chemische Inhibitoren von TFIIIC35 wirken über verschiedene Mechanismen, um seine Funktion im Transkriptionsinitiationskomplex zu hemmen. Plumbagin kann sich in die DNA einlagern und die DNA-Bindungsaktivität von TFIIIC35 unterbrechen, die für seine Rolle bei der Transkriptionsinitiierung wesentlich ist. Actinomycin D greift ebenfalls in die DNA ein, allerdings durch direkte Bindung an die Transkriptionsinitiationsstelle, wodurch TFIIIC35 am Zugang zu den notwendigen Bindungsregionen auf dem DNA-Strang gehindert wird. In ähnlicher Weise bindet Mithramycin A an DNA in GC-reichen Sequenzen, was die DNA-Struktur so verändern könnte, dass die Funktion von TFIIIC35 behindert wird. Mitoxantron und Etoposid üben ihre hemmenden Wirkungen aus, indem sie sich in die DNA einlagern bzw. die Topoisomerase II hemmen, was zu DNA-Brüchen und folglich zu einer Verringerung der Verfügbarkeit intakter DNA-Vorlagen führt, die TFIIIC35 zur Einleitung der Transkription benötigt.
Andere Inhibitoren wirken sich auf TFIIIC35 aus, indem sie auf die Transkriptionsmaschinerie oder damit zusammenhängende Prozesse abzielen. α-Amanitin hemmt die RNA-Polymerase II und wirkt sich indirekt auf TFIIIC35 aus, indem es die Transkription von Genen, die für seine Funktion notwendig sind, einschränkt. DRB hemmt die Phosphorylierung der RNA-Polymerase II, die für den Übergang von der Initiation zur Elongation der Transkription unerlässlich ist, und wirkt sich damit indirekt auf die Rolle von TFIIIC35 in Transkriptionskomplexen aus. Triptolid wirkt zwar nicht so direkt, beeinträchtigt aber die Bindung von TFIIIC35 an die DNA, indem es die Funktion des Transkriptionsfaktors insgesamt hemmt. ICRF-193 wirkt, indem es die geschlossene Klammerform der Topoisomerase II stabilisiert und damit die Verfügbarkeit von entspannter DNA verringert, die für TFIIIC35 zur Bildung von Initiationskomplexen erforderlich ist. Trichostatin A hemmt Histon-Deacetylasen, was zu einer offeneren Chromatinstruktur führt, die die normale Funktion von TFIIIC35 stören kann. Chloroquin schließlich stört TFIIIC35, indem es den pH-Wert der intrazellulären Organellen verändert und in die Wege des Proteinabbaus eingreift, was zu einer veränderten Lokalisierung von TFIIIC35 führen kann, was letztlich seine Funktion bei der Transkriptionsinitiierung beeinträchtigt.
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