Chemische Inhibitoren von SIKE können die Funktion des Proteins über verschiedene Mechanismen im Zusammenhang mit seiner Rolle bei der TBK1/IKKε-vermittelten Signalübertragung beeinträchtigen. Staurosporin, ein Breitspektrum-Kinaseinhibitor, kann die Kinaseaktivität hemmen, die SIKE vermutlich reguliert, und dadurch die damit verbundenen Signalwege modulieren. In ähnlicher Weise können Wortmannin und LY294002, beides spezifische Inhibitoren von Phosphoinositid-3-Kinasen (PI3K), indirekt die modulierenden Wirkungen von SIKE hemmen, indem sie die PI3K-Signalübertragung reduzieren, die für die vollständige Aktivierung des TBK1/IKKε-Komplexes erforderlich ist. Rapamycin, das auf mTOR, eine Komponente des PI3K/AKT-Signalwegs, abzielt, kann SIKE ebenfalls indirekt beeinflussen, indem es nachgeschaltete Signalkomponenten hemmt, die dem TBK1/IKKε-Komplex vorgelagert sein können.
Eine weitere indirekte Hemmung von SIKE wird bei der Anwendung von SB203580 und SP600125 beobachtet, die auf die p38 MAP-Kinase bzw. die c-Jun N-terminale Kinase (JNK) abzielen. Da sowohl p38 MAPK als auch JNK die TBK1-Signalgebung beeinflussen können, kann ihre Hemmung die funktionelle Aktivität von SIKE verringern. Weitere Wirkstoffe wie U0126 und PD98059, beides MEK-Inhibitoren, können den MEK/ERK-Signalweg unterdrücken, der möglicherweise mit der TBK1/IKKε-Signalübertragung verbunden ist, und damit indirekt die Rolle von SIKE beeinflussen. Die Hemmung der NF-κB-Aktivierung durch BAY 11-7082 und die Hemmung von IKK2 durch IKK-16 können ebenfalls zu einer Herunterregulierung der TBK1-Aktivität und damit der SIKE-Aktivität führen. Schließlich können Go6976 und KU-55933, die die Proteinkinase C bzw. die ATM-Kinase hemmen, die Signalwege verändern, die die Funktion von TBK1 beeinflussen, und so indirekt die Aktivität von SIKE innerhalb dieser Wege modulieren.
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