Chemische Inhibitoren von RPRD2 können dessen Funktion über verschiedene biochemische Wege wirksam beeinträchtigen. Staurosporin, ein robuster Proteinkinaseinhibitor, zielt direkt auf die Cyclin-abhängigen Kinasen (CDKs) ab, die für die transkriptionellen Koaktivierungsaktivitäten von RPRD2 wesentlich sind. Durch die Hemmung dieser CDKs unterbricht Staurosporin die Phosphorylierungsprozesse, die für die Ausübung der koaktivierenden Funktionen von RPRD2 unerlässlich sind. In ähnlicher Weise erhöht 5-Iodtubercidin als Adenosinkinase-Inhibitor den intrazellulären Adenosinspiegel, der die durch RNA-Polymerase II vermittelte Transkription, an der RPRD2 beteiligt ist, stören kann, was zu dessen Hemmung führt. H-89-Dihydrochlorid, ein weiterer Kinaseinhibitor, hemmt spezifisch die Proteinkinase A und unterbricht deren Regulierung der Transkriptionsmaschinerie, wodurch die regulatorischen Funktionen von RPRD2 beeinträchtigt werden. Wortmannin und LY294002, beides Inhibitoren der PI3K, wirken sich indirekt auf RPRD2 aus, indem sie PI3K-abhängige Signalwege unterbrechen, die die Aktivität von Transkriptionsfaktoren beeinflussen, die RPRD2 moduliert.
SU9516 und Gö6976 üben ihre hemmenden Wirkungen auch aus, indem sie auf CDKs und Proteinkinasen wie PKC abzielen, auf die RPRD2 für Phosphorylierungsvorgänge bei der Transkriptionsregulation angewiesen ist. Indem sie diese Enzyme hemmen, hindern SU9516 und Gö6976 RPRD2 daran, seine normalen regulatorischen Aufgaben zu erfüllen. Roscovitin, das für seine selektive Hemmung von CDKs bekannt ist, behindert die Phosphorylierung der Transkriptionssubstrate von RPRD2, was zu einer Hemmung seiner Koaktivierungsfunktion führt. Indirubin-3'-Monoxim erweitert diesen Ansatz, indem es CDKs hemmt, die Proteine phosphorylieren, die mit RPRD2 interagieren, und so dessen regulatorische Wirkung weiter hemmt. SP600125, ein JNK-Inhibitor, unterbricht die Regulierung von Transkriptionsfaktoren, die an den Wegen beteiligt sind, die es RPRD2 ermöglichen, die Transkription zu modulieren. SB203580 und PD98059 schließlich zielen auf die p38-MAP-Kinase bzw. MEK ab, die beide auf Transkriptionsfaktoren und vorgeschaltete Signalwege einwirken, die mit der Funktionalität von RPRD2 zusammenhängen. Die Hemmung dieser Kinasen führt zu einer Verringerung der Phosphorylierung von Transkriptionsfaktoren, die mit RPRD2 in Verbindung stehen, wodurch die Fähigkeit des Proteins, sich an der transkriptionellen Koaktivierung zu beteiligen, verringert wird.
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