Chemische Inhibitoren von RNF103-CHMP3 können seine Funktion über verschiedene Mechanismen direkt unterbrechen, indem sie in erster Linie die zellulären Prozesse und Wege stören, an denen RNF103-CHMP3 bekanntermaßen beteiligt ist. Concanamycin A und Bafilomycin A1 zielen beispielsweise auf die vakuoläre H+-ATPase (V-ATPase) ab, die für die endosomale Ansäuerung wichtig ist. Diese Ansäuerung ist eine Voraussetzung für das reibungslose Funktionieren der für den Transport erforderlichen endosomalen Sortierkomplexe (ESCRT), zu denen RNF103-CHMP3 beiträgt. Die Hemmung der V-ATPase durch diese Chemikalien kann die endosomale Funktion beeinträchtigen, was wiederum die Aktivität von RNF103-CHMP3 beim Membranumbau und der Vesikelbildung hemmen kann. In ähnlicher Weise deaktiviert Dynasore die GTPase-Aktivität von Dynamin, einem Protein, das an der endgültigen Abspaltung neu gebildeter Vesikel von der Membran beteiligt ist. Indem es diese Abspaltung verhindert, kann Dynasore die Fähigkeit von RNF103-CHMP3 beeinflussen, an ESCRT-bezogenen Prozessen teilzunehmen.
Andere Chemikalien zielen auf das Aktin-Zytoskelett ab, das bei zellulären Prozessen wie dem Membranumbau und dem Vesikeltransport, an dem RNF103-CHMP3 beteiligt ist, eine entscheidende Rolle spielt. ML141, CK-666, SMIFH2 und Cytochalasin D sind Hemmstoffe, die verschiedene Aspekte der Aktindynamik beeinflussen. ML141 greift in CDC42 ein, eine kleine GTPase, die die Aktinpolymerisation reguliert. CK-666 wirkt auf den Arp2/3-Komplex und hemmt dessen Fähigkeit, Aktinfilamente zu nukleieren. SMIFH2 stört die Formin-vermittelte Aktin-Assemblierung, und Cytochalasin D blockiert die Aktinpolymerisation direkt. Diese Störungen der Aktindynamik können die Beteiligung von RNF103-CHMP3 an der Vesikelbildung und am Trafficking behindern. Darüber hinaus hemmt Y-27632 ROCK, eine Kinase, die die Aktinorganisation beeinflusst, was ebenfalls zu einer Beeinträchtigung der Rolle von RNF103-CHMP3 bei zytoskelettabhängigen zellulären Prozessen führen kann. PD 98059, ein MEK-Inhibitor, und Wortmannin, ein PI3K-Inhibitor, unterbrechen Signalwege, die indirekt die Umstrukturierung des Zytoskeletts bzw. die Phosphoinositiddynamik beeinflussen, also Prozesse, die für die Funktion von RNF103-CHMP3 wichtig sind. Z-VAD-FMK kann durch die Hemmung von Caspasen die Beseitigung apoptotischer Körper beeinträchtigen, ein Prozess, bei dem die ESCRT-Funktion von RNF103-CHMP3 wichtig ist. Hydroxychloroquin schließlich kann durch die Erhöhung des endosomalen pH-Wertes die endosomale Sortierung beeinträchtigen und damit möglicherweise die Rolle von RNF103-CHMP3 in der ESCRT-Maschinerie hemmen. Jede Chemikalie kann, indem sie auf spezifische zelluläre Funktionen abzielt, zur funktionellen Hemmung von RNF103-CHMP3 beitragen.
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