Chemische Inhibitoren von NUDT6 können ihre funktionshemmende Wirkung durch Interferenz mit verschiedenen zellulären Signalwegen entfalten, an denen NUDT6 beteiligt ist. Suramin, ein Wachstumsfaktor-Rezeptor-Inhibitor, behindert die Funktion von FGF-Rezeptoren, mit denen NUDT6 durch seine Anti-Sense-RNA-Regulierung von FGF-2 verbunden ist. Diese Störung kann zu einem Rückgang der FGF-2-Signalübertragung führen und dadurch die physiologischen Funktionen von NUDT6 hemmen. In ähnlicher Weise greift PD173074, ein selektiver FGFR-Inhibitor, direkt in den FGFR ein, was zu einer Verringerung der FGF-2-vermittelten Prozesse führt, die wiederum die Aktivität von NUDT6 hemmen. LY294002 und Wortmannin, beides PI3K-Inhibitoren, können den PI3K/AKT-Signalweg stoppen, der dem FGF-2-Signalweg nachgeschaltet ist. Da NUDT6 möglicherweise in diesen Signalweg involviert ist, kann eine solche Hemmung seine Funktion unterdrücken. Darüber hinaus unterbrechen U0126 und PD0325901 als MEK1/2-Inhibitoren den MAPK/ERK-Signalweg, was zu einer Hemmung von NUDT6 führt, da es vermutlich an diesem Signalweg beteiligt ist. SP600125 und SB203580, die auf JNK bzw. p38 MAPK abzielen, können ebenfalls den MAPK-Signalweg und damit die Funktion von NUDT6 hemmen.
Darüber hinaus kann Dorsomorphin durch Hemmung der BMP-Signalübertragung indirekt die Aktivität von NUDT6 behindern, wobei davon ausgegangen wird, dass NUDT6 innerhalb dieser Signalwege wirkt. Rapamycin, ein mTOR-Inhibitor, kann Zellwachstums- und -proliferations-Signale unterdrücken, die dem FGF-2 nachgeschaltet sind, das NUDT6 möglicherweise reguliert, was zu seiner funktionellen Hemmung führt. Der ROCK-Inhibitor Y-27632 kann die Organisation des Aktin-Zytoskeletts verändern, ein Prozess, der durch FGF-2-Signale beeinflusst werden kann. Diese Veränderung kann die zellulären Funktionen, an denen NUDT6 beteiligt ist, einschränken. ZM 447439, ein Aurora-Kinase-Inhibitor, beeinflusst den Zellzyklus und die Mitose, also zelluläre Vorgänge, bei denen NUDT6 über den FGF-2-Signalweg eine Rolle spielen könnte, was zur Hemmung von NUDT6 führt..
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