NSUN3-Inhibitoren als chemische Klassifizierung konzentrieren sich in erster Linie auf die Störung der RNA-Methyltransferase-Aktivität des Enzyms, die für die mitochondriale tRNA-Methylierung von zentraler Bedeutung ist. In Anbetracht der Spezifität und Bedeutung der RNA-Methylierung, insbesondere für die mitochondriale Funktion, erfordert der gezielte Einsatz von NSUN3 einen nuancierten Ansatz, um sicherzustellen, dass die gewünschte hemmende Wirkung erzielt wird, ohne andere zelluläre Prozesse unbeabsichtigt zu beeinträchtigen. Die meisten Hemmstoffe in dieser Kategorie greifen entweder direkt oder indirekt in den RNA-Methylierungsprozess ein.
Ein erheblicher Teil der Chemikalien in dieser Klasse, wie 5-Azacytidin, Decitabin und RG108, sind Analoga von Cytosin oder Adenosin, die in die RNA oder DNA eingebaut werden. Ihr Einbau kann die ursprüngliche Struktur verändern oder das Hinzufügen von Methylgruppen verhindern und damit indirekt die Funktion von NSUN3 beeinträchtigen. Andere, wie Sinefungin, zielen direkt auf die Wirkung der Methyltransferase ab, indem sie um die Bindungsstellen konkurrieren und so die Fähigkeit des Enzyms, seine Ziele zu methylieren, effektiv verringern. Eine weitere Strategie ist die Hemmung der damit verbundenen Stoffwechselwege. So stören beispielsweise 3-Deazaneplanocin A und sein Analogon DZNEP die Methylierungsprozesse, indem sie die S-Adenosylhomocystein-Hydrolase, eine Schlüsselkomponente bei der Übertragung von Methylgruppen, beeinträchtigen.
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