MHC-Klasse-IIβ-Inhibitoren umfassen, wie oben beschrieben, eine Reihe von Chemikalien, die in erster Linie durch die Beeinflussung der Wege und zellulären Prozesse rund um die MHC-Klasse-II-Antigenpräsentation wirken und nicht direkt auf das Protein selbst abzielen. Diese Chemikalien greifen häufig in die komplizierte zelluläre Maschinerie ein, die an der Verarbeitung und Präsentation von Antigenen beteiligt ist, was zu einer verringerten oder veränderten MHC-Klasse-II-Aktivität führt.
So können beispielsweise Chloroquin und Leupeptin die Antigenverarbeitung behindern, indem sie die endosomale Ansäuerung bzw. den Proteinabbau manipulieren. Brefeldin A und Monensin hingegen wirken auf die Transportmechanismen der Zelle ein, wodurch das Vorhandensein der MHC-Klasse II auf der Zelloberfläche eingeschränkt und somit die Antigenpräsentation beeinträchtigt wird. Einige dieser Chemikalien, wie Cyclosporin A und Rapamycin, sind für ihre tiefgreifenden Auswirkungen auf die Aktivierung und Proliferation von T-Zellen bekannt und haben somit einen indirekten Einfluss auf MHC-Klasse-II-vermittelte Immunantworten. Andere Inhibitoren, wie MG-132 und Epoxomicin, zielen speziell auf Proteasomen ab, wesentliche Komponenten des Antigenverarbeitungsprozesses.
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