Chemische Inhibitoren der Mastzellprotease umfassen eine Vielzahl von Verbindungen, die direkt in die enzymatische Aktivität des Proteins eingreifen. Gabexat Mesilat und Nafamostat Mesilat, beides synthetische Serinproteaseinhibitoren, hemmen die Mastzellprotease durch Bindung an das aktive Zentrum des Enzyms, wodurch der Zugang zum Substrat blockiert und folglich die proteolytische Funktion des Enzyms gestoppt wird. Diese Art der Hemmung wird auch von Benzamidin angewandt, einem Inhibitor, der mit natürlichen Substraten um die Bindung an das aktive Zentrum konkurriert und dadurch die Fähigkeit der Protease, Substrate zu verarbeiten, behindert. Aprotinin, obwohl ein kleines Protein, funktioniert ähnlich, indem es stabile Komplexe mit Mastzellprotease bildet, was zur Hemmung der enzymatischen Aktivität des Proteins führt. Auf vergleichbare Weise bildet Chymostatin, ein Peptidaldehyd, eine kovalente Bindung mit dem Serinrest im aktiven Zentrum der Mastzellenprotease, was zur Inaktivierung des Enzyms führt.
Darüber hinaus kann Marimastat, das in erster Linie auf Matrix-Metalloproteinasen abzielt, mit dem aktiven Zentrum der Mastzellprotease interagieren und ihre Aktivität hemmen. Pepstatin A ist zwar ein aspartischer Proteaseinhibitor, kann aber durch Bindung an ähnliche Domänen mit Mastzellprotease interagieren und dadurch deren Aktivität verringern. Der irreversible Inhibitor E-64 wirkt durch kovalente Bindung an das aktive Zentrum von Cysteinresten, ein Mechanismus, der auch die Mastzellprotease hemmen kann. AEBSF, ein weiterer irreversibler Inhibitor, modifiziert das Serin im aktiven Zentrum der Mastzellprotease, was zu einer Beendigung ihrer proteolytischen Aktivität führt. In ähnlicher Weise bildet Camostat Mesilate einen stabilen Komplex mit der Mastzellprotease und hemmt so direkt ihre Funktion. Tranexamsäure, ein Antifibrinolytikum, hemmt Proteasen, indem es die Lysinbindungsstellen blockiert, die die Aktivität der Mastzellprotease behindern können. Leupeptin schließlich, ein reversibler Inhibitor sowohl von Serin- als auch von Cysteinproteasen, übt seine hemmende Wirkung aus, indem es sich an die aktive Stelle der Mastzellenprotease bindet und sie daran hindert, sich mit ihren Substraten zu verbinden und ihre proteolytische Aufgabe zu erfüllen. Jede dieser Chemikalien interagiert mit der Mastzellenprotease auf eine Weise, die zur Hemmung ihrer proteolytischen Fähigkeiten führt, was die direkte Auswirkung dieser Verbindungen auf die Funktionalität des Proteins unterstreicht.
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