Die LOC729005-Inhibitoren Wortmannin und LY294002 richten sich gegen PI3K, eine zentrale Kinase in der Zellsignalgebung, und beeinflussen möglicherweise Proteine, die durch diesen Signalweg reguliert werden. Ihre Bindung hemmt die Kinaseaktivität von PI3K und beeinflusst dadurch nachgeschaltete Signalereignisse. Rapamycin, das an mTOR bindet, wirkt dämpfend auf den mTOR-Signalweg, der für die Proteinsynthese und die Zellproliferation von entscheidender Bedeutung ist. Diese Interaktion kann zu einer Kaskade von Wirkungen auf Proteine führen, die durch die mTOR-Signalübertragung reguliert werden. Wirkstoffe wie SB203580 und PD98059 weisen eine Selektivität gegenüber MAP-Kinasen auf, die für die zellulären Reaktionen auf extrazelluläre Stimuli entscheidend sind. SB203580 hemmt die p38-MAP-Kinase, während PD98059 auf MEK abzielt, einen vorgelagerten Regulator der MAP-Kinasen, und dadurch den Phosphorylierungszustand und die Aktivität von Proteinen moduliert, die diesen Kinasen nachgelagert sind. SP600125 und U0126 verändern durch die Hemmung von JNK bzw. MEK1/2 den Signalverlauf ihrer jeweiligen Signalwege, was sich möglicherweise auf Proteine auswirkt, die auf die von diesen Kinasen kontrollierten Stress- und mitogenen Signale reagieren.
Trichostatin A und 5-Azacytidin vermitteln Veränderungen der Genexpression durch Modifizierung der Chromatinstruktur bzw. des DNA-Methylierungsstatus. Trichostatin A hemmt HDACs, wodurch die Histonacetylierung und damit die Gentranskription beeinträchtigt werden, was wiederum die Proteinexpression und -funktion beeinflussen kann. 5-Azacytidin induziert durch den Einbau in Nukleinsäuren eine DNA-Hypomethylierung, was zu Veränderungen der Genexpressionsprofile führt, die die Proteinregulation beeinflussen können. Brefeldin A, Cyclosporin A und Thapsigargin interagieren mit verschiedenen zellulären Zielen, die an der Proteinverarbeitung und intrazellulären Signalübertragung beteiligt sind. Brefeldin A stört den Proteintransport durch Hemmung der Golgi-Funktion, was die Lokalisierung und Funktion von Proteinen, die auf den sekretorischen Weg angewiesen sind, beeinträchtigen kann. Cyclosporin A bindet an Calcineurin und wirkt sich auf die T-Zell-Aktivierung und die nachfolgenden Proteinaktivitäten innerhalb der Immun-Signalkaskade aus. Thapsigargin hemmt die SERCA-Pumpen und erhöht dadurch den zytosolischen Kalziumspiegel, was sich auf Proteine auswirkt, die auf Kalzium-Signale reagieren.
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