Forskolin wirkt durch eine Erhöhung des cAMP-Spiegels, wodurch PKA aktiviert wird, das bekanntermaßen eine Reihe von Proteinen phosphoryliert, die sich mit der FAM69B-Signalkaskade überschneiden könnten. Ionomycin löst durch die Erhöhung des intrazellulären Kalziums ein Netz von kalziumabhängigen Kinasen aus, die möglicherweise die Aktivität von Proteinen innerhalb des FAM69B-Regelkreises verändern. Phorbolester wie PMA aktivieren die PKC, die einen breiten Spielraum bei der Phosphorylierung von Proteinen hat und daher die Signalwege beeinflussen könnte, die auf FAM69B einwirken. In der Zwischenzeit verhindert IBMX den Abbau zyklischer Nukleotide, wodurch die Aktivität von Kinasen wie PKA und PKG aufrechterhalten wird, was nachgelagerte Auswirkungen auf die Regulierung von FAM69B haben könnte. Inhibitoren wie SB203580 und PD98059, die auf die p38-MAP-Kinase bzw. MEK abzielen, könnten die Aktivität innerhalb der MAP-Kinasewege neu kalibrieren und sich auf Proteine auswirken, die mit FAM69B interagieren.
Die Modulation der Genexpression ist eine weitere Achse, über die die Aktivität von FAM69B beeinflusst werden kann. Trichostatin A, ein HDAC-Inhibitor, verändert die Chromatinlandschaft und damit möglicherweise auch das Transkriptionsprogramm von Genen, die mit dem FAM69B-Signalweg in Verbindung stehen. Spermin modifiziert die Aktivität von Ionenkanälen und die intrazelluläre Signalübertragung, was Auswirkungen auf das FAM69B-Regulationsnetzwerk haben kann. LY294002 und SP600125, die auf die PI3K- und JNK-Signalwege abzielen, bewirken Veränderungen in der Kinase-Signaldynamik, die möglicherweise die Aktivität von FAM69B beeinflussen. Rapamycin verändert durch die Hemmung von mTOR das zelluläre Wachstums- und Stoffwechselgefüge, was sich auf die Signalwege auswirken und die FAM69B-Aktivität beeinflussen kann.
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