Chemische Hemmstoffe von CYP2J11 wirken über verschiedene Mechanismen und behindern die Funktion des Enzyms. Terfenadin und Miconazol entfalten ihre Wirkungen, indem sie auf die Kaliumkanäle bzw. das Häm-Eisen des Enzyms abzielen. Terfenadin blockiert bekanntermaßen die hERG-Kaliumkanäle, die durch die Produkte von CYP2J11 moduliert werden, was zu einer Verringerung der Aktivität des Enzyms führt. Miconazol hingegen bindet direkt an das aktive Zentrum von CYP2J11, die Häm-Gruppe, und verhindert so den normalen Metabolisierungsprozess. Ketoconazol verfolgt einen ähnlichen Ansatz, indem es sich an die Häm-Gruppe innerhalb von CYP2J11 bindet und so die Aktivität des Enzyms stört. Montelukast wirkt indirekt: Es senkt den Leukotrienspiegel, wodurch die Substratverfügbarkeit für CYP2J11 und folglich auch die Aktivität des Enzyms verringert wird.
Andere Inhibitoren wie Danazol, Clotrimazol und Ticlopidin greifen auf unterschiedliche Weise in CYP2J11 ein. Danazol konkurriert mit natürlichen Substraten um die Bindungsstelle auf CYP2J11 und verringert so die Fähigkeit des Enzyms, seine eigentlichen Substrate zu verstoffwechseln. Clotrimazol behindert die Funktion des Enzyms durch Bindung an sein Häm-Eisen, das für die Stoffwechselaktivität wesentlich ist. Ticlopidin hat einen einzigartigen Mechanismus, bei dem es einen reaktiven Metaboliten bildet, der sich irreversibel an CYP2J11 bindet, was zu einer anhaltenden Hemmung führt. Diethyldithiocarbamat, Chloramphenicol, Sulfinpyrazon, Phenylbutazon und Propylthiouracil hemmen jeweils CYP2J11 durch ihre Wechselwirkungen mit dem aktiven Zentrum des Enzyms oder der Häm-Gruppe. Diethyldithiocarbamat wirkt als Chelatbildner, bindet an das Häm-Eisen und stört die durch Häm-Eisen katalysierten Reaktionen, die für die Funktion des Enzyms wesentlich sind. Chloramphenicol bindet sich an das aktive Zentrum und behindert die katalytische Aktivität. Sulfinpyrazon und Phenylbutazon hemmen beide durch kompetitive Hemmung, indem sie direkt mit den Substraten von CYP2J11 konkurrieren. Propylthiouracil schließlich hemmt die Oxidationsfähigkeit des Enzyms und beeinträchtigt den Metabolismus der Substrate durch CYP2J11.
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