Chemische Inhibitoren von CLPX können ihre hemmende Wirkung über verschiedene Mechanismen ausüben, die in die Funktionswege des Proteins eingreifen. Hsp70-Inhibitoren wie Pifithrin-μ und Ver-155008 stören die Zusammenarbeit zwischen CLPX und der Hsp70-Proteinfamilie, die für einen ordnungsgemäßen Proteinabbau unerlässlich ist. Da CLPX eng mit Hsp70-Proteinen zusammenarbeitet, führt die Hemmung dieser Chaperone zu einer nachgeschalteten Hemmung der Rolle von CLPX bei der Proteinverarbeitung. Proteasom-Inhibitoren wie MG132 und Lactacystin führen zu einer Anhäufung polyubiquitinierter Proteine, die die Proteinabbauwege belasten und CLPX indirekt daran hindern, seine Funktion effektiv zu erfüllen. Dies liegt daran, dass das Proteostasennetzwerk, zu dem auch das Proteasom-System gehört, miteinander verbunden ist und die Dysregulation einer Komponente die anderen beeinträchtigen kann.
Andere Inhibitoren wie Concanamycin A und Bafilomycin A1 stören zelluläre Kompartimente, indem sie V-ATPasen hemmen und so das für den lysosomalen und proteasomalen Abbau erforderliche saure Milieu beeinträchtigen. Da die funktionelle Integrität von CLPX von diesen zellulären Prozessen abhängt, kann ihre Störung zu einer Verringerung der CLPX-Aktivität führen. Schließlich greifen Inhibitoren wie EerI und Epoxomicin in spezifische Abbaupfade wie den ER-assoziierten Abbau (ERAD) bzw. das Ubiquitin-Proteasom-System ein. Auf diese Weise behindern sie indirekt die Rolle von CLPX innerhalb dieser Wege, was zu seiner funktionellen Hemmung führt.
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