Chemische Inhibitoren von CBF-B können über verschiedene Mechanismen wirken, die die Aktivität des Proteins behindern, indem sie in wesentliche Regulationsprozesse eingreifen. Ro-31-8220, Go6976, Chelerythrin und Bisindolylmaleimid I zielen alle auf die Proteinkinase C (PKC) ab, eine Kinase, die bei Phosphorylierungsvorgängen eine zentrale Rolle spielt. Die Hemmung von PKC durch diese Chemikalien kann die Phosphorylierung verhindern, die für den Funktionszustand von CBF-B entscheidend ist, und so zu dessen Hemmung führen. So hemmt Go6976 selektiv PKC, was die Phosphorylierung von Proteinen, die entweder mit CBF-B interagieren oder es regulieren, reduzieren und damit seine Funktion hemmen kann. In ähnlicher Weise behindern auch Chelerythrin und Bisindolylmaleimid I die Fähigkeit der PKC, Substrate zu phosphorylieren, einschließlich solcher, die an der Regulierung von CBF-B beteiligt sein könnten, was zu einer Verringerung der CBF-B-Aktivität führt.
Außerdem sind H-89 und KT5720 Inhibitoren der Proteinkinase A (PKA), einer weiteren Kinase, die mehrere Substrate in der Zelle phosphorylieren kann und deren Hemmung indirekt die Aktivität von CBF-B verringern kann. LY294002 und Wortmannin hemmen die Phosphoinositid-3-Kinase (PI3K), ein Enzym, das an mehreren Signalkaskaden beteiligt ist, die Transkriptionsfaktoren wie CBF-B regulieren können. Die Hemmung von PI3K führt zu einer Unterbrechung dieser Signalwege, was zu einer funktionellen Hemmung von CBF-B führen kann. Rapamycin, das mTOR, einen wichtigen Regulator der Proteinsynthese und -aktivität, hemmt, kann ebenfalls zu einer verminderten Funktion von CBF-B führen, indem es die Wege behindert, die seine Aktivität kontrollieren. PD98059 und U0126 zielen auf den MAP-Kinase-Signalweg ab; PD98059 hemmt die MAP-Kinase selbst und U0126 hemmt MEK, das den MAP-Kinasen vorgeschaltet ist. Diese Hemmung kann Signalwege abschwächen, die die Aktivität von CBF-B beeinflussen. SB203580 schließlich, ein p38-MAPK-Inhibitor, hemmt Signalwege, die für die ordnungsgemäße Funktion von Transkriptionsfaktoren erforderlich sind, zu denen auch CBF-B gehört, und führt so zu dessen Hemmung. Jede dieser Chemikalien greift in spezifische Kinasen oder Signalwege ein, was wiederum zu einer Hemmung der CBF-B-Aktivität in der Zelle führen kann.
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