Forskolin löst durch die Erhöhung des cAMP-Spiegels eine Kaskade aus, die die Proteinkinase A aktiviert, ein zentrales Enzym, das verschiedene Transkriptionsfaktoren phosphorylieren kann, was zu einer verstärkten Genexpression führen kann. Ionomycin setzt durch die Erhöhung des intrazellulären Kalziums eine weitere Reihe von Signalereignissen in Gang, die zur Aktivierung von kalziumabhängigen Proteinkinasen und zu einer veränderten Transkriptionslandschaft führen können. In ähnlicher Weise setzt PMA die Proteinkinase C in Gang, die eine Vielzahl von Proteinen phosphoryliert und damit möglicherweise die Genexpressionsmuster beeinflusst. Wirkstoffe wie 5-Aza-2'-Deoxycytidin und Trichostatin A verändern den epigenetischen Zustand der Zelle. Ersteres integriert sich in die DNA und hemmt die Methylierung, was zu einer offeneren Chromatinstruktur führt, die der Transkription förderlich ist. Letzteres unterdrückt die Aktivität der Histondeacetylase, was zu einer entspannten Chromatinstruktur führt und die Zugänglichkeit der Transkriptionsmaschinerie zur DNA verbessert.
Retinsäure interagiert mit ihren nuklearen Rezeptoren, die an die DNA binden und die Genexpression modulieren können, wobei sie eine Vielzahl von zellulären Signalwegen beeinflussen, darunter auch solche, die die Expression von Proteinen wie C9orf173 steuern. Epigallocatechingallat übt seinen Einfluss durch seine Interaktion mit zahlreichen Signalmolekülen und -wegen aus und verändert so das zelluläre Milieu und potenziell auch die Genexpressionsprofile. Die Hemmung der Histondeacetylasen durch Natriumbutyrat führt zu einer verstärkten Acetylierung von Histonen, einem Marker für einen aktiven Chromatinzustand, der die Genexpression fördert. Kinaseinhibitoren wie LY294002, PD98059 und SP600125 greifen gezielt in die PI3K-, MEK- bzw. JNK-Signalwege ein. Indem sie diese Signalwege modulieren, beeinflussen sie indirekt die Phosphorylierung und damit die Aktivität eines Netzwerks von Transkriptionsfaktoren, die zu Veränderungen der Proteinexpression führen können. Rapamycin, ein Inhibitor des mTOR-Signalwegs, kann aufgrund seiner zentralen Rolle im Zellwachstum und -stoffwechsel weitreichende Auswirkungen auf die Proteinsynthese und die Genexpression haben.
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