Chemische Inhibitoren der THO-Komplex-Untereinheit 2-like können deren Funktion auf verschiedene Weise beeinträchtigen, vor allem durch die Behinderung von Prozessen, die der mRNA-Verarbeitung vorgeschaltet sind. Aphidicolin zum Beispiel hemmt die DNA-Polymerasen alpha und delta, die für die DNA-Replikation von zentraler Bedeutung sind. Da die THO-Komplex-Untereinheit 2-like an der mRNA-Verarbeitung beteiligt ist, schränkt die Verhinderung der DNA-Replikation indirekt die Fähigkeit des Proteins ein, seine normale Funktion auszuüben, da die Biogenese von mRNAs verringert wird. In ähnlicher Weise bindet Actinomycin D fest an die DNA und blockiert die Entwicklung der RNA-Polymerase, wodurch die RNA-Synthese zum Stillstand kommt. Dies führt zu einer Verringerung der RNA-Substrate, auf die die THO-Komplex-Untereinheit 2 typischerweise einwirken würde. Alpha-Amanitin zielt spezifisch auf die RNA-Polymerase II ab, das Enzym, das für die Synthese von mRNA verantwortlich ist, und verringert so die Verfügbarkeit von mRNA-Molekülen, die der THO-Komplex-Untereinheit 2-like verarbeiten kann.
Eine andere Gruppe von Inhibitoren, darunter Camptothecin, Etoposid und β-Lapachon, entfalten ihre hemmende Wirkung, indem sie auf Enzyme abzielen, die am Transkriptionsprozess beteiligt sind. Camptothecin und Etoposid hemmen die DNA-Topoisomerasen I bzw. II, was zu DNA-Schäden und einer Unterbrechung der Transkriptionsdehnung führen kann. Dies würde indirekt die Rolle der THO-Komplex-Untereinheit 2-like schmälern, indem die Transkription von mRNAs, die sie normalerweise verarbeiten würde, eingeschränkt wird. β-Lapachon stört die Aktivität der RNA-Polymerase II, indem es die Produktion reaktiver Sauerstoffspezies induziert, was wiederum zu einer Verringerung der RNA-Synthese führt. Andere Inhibitoren, wie Triptolid und DrB, zielen auf die Transkriptionsinitiierung und -verlängerung ab. Triptolid bindet an eine Untereinheit des TFIIH-Komplexes, während DrB die Elongationsfähigkeit der RNA-Polymerase II hemmt. Beide Wirkungen führen dazu, dass weniger naszierende RNA-Moleküle von der THO-Komplex-Untereinheit 2 verarbeitet werden können. Cordycepin, das in die RNA eingebaut wird, beendet die mRNA-Elongation vorzeitig und verringert so die Produktion von mRNAs in voller Länge für die THO-Komplex-Untereinheit 2-like. Leptomycin B ist zwar kein direkter Inhibitor der Transkription oder DNA-Replikation, behindert aber den Export von RNA-Molekülen aus dem Zellkern, indem es den Rezeptor für das nukleare Exportsignal (NES), Crm1, hemmt, was die normale Funktion der THO-Komplex-Untereinheit 2-like bei der mRNA-Verarbeitung verändern könnte. Flavopiridol und Omnibetulinsäure tragen durch die Hemmung von Cyclin-abhängigen Kinasen bzw. der RNA-Polymerase III zur allgemeinen Verringerung der Transkriptionslandschaft bei und beeinflussen dadurch die Menge der RNA-Substrate, die für die Funktion der THO-Komplex-Untereinheit 2-like zur Verfügung stehen.
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