Chemische Inhibitoren von BAZ2B wirken über verschiedene Mechanismen, um seine Rolle beim Chromatinumbau und bei der Erkennung von methylierten oder acetylierten Histonen zu beeinträchtigen. C646 hemmt selektiv p300, eine Histon-Acetyltransferase, die BAZ2B acetylieren kann, und verringert dadurch dessen Fähigkeit, effektiv an Nukleosomen zu binden. In ähnlicher Weise wirken Garcinol und Anacardinsäure auf p300 und PCAF, eine weitere Histon-Acetyltransferase, deren Hemmung zu einer verminderten Acetylierung von BAZ2B führt, wodurch seine Aktivität zur Umgestaltung des Chromatins eingeschränkt wird. Curcumin stört die Funktion von BAZ2B, indem es die HAT-Aktivität von p300 hemmt, die für die Acetylierung und anschließende Aktivierung von BAZ2B wesentlich ist. Diese Störung führt zu einem Rückgang der Fähigkeit von BAZ2B, die Chromatinstruktur zu modulieren.
Inhibitoren wie BIX-01294 und UNC0638 zielen auf die Methylierungserkennungskapazität von BAZ2B ab. BIX-01294 hemmt die G9a HMTase, die Histonreste methyliert, die BAZ2B erkennt und bindet. UNC0638 behindert die Funktion von BAZ2B weiter, indem es die Histon-Methyltransferasen G9a und GLP hemmt, wodurch die Interaktion von BAZ2B mit Chromatin aufgrund eines geringeren Substrats für die Bindung verringert wird. Chaetocin und 3-Deazaneplanocin A reduzieren ebenfalls die Histon-Methylierung, wobei Chaetocin SUV39H1 hemmt und 3-Deazaneplanocin A auf EZH2 abzielt, was in beiden Fällen zu einer verminderten Fähigkeit von BAZ2B führen würde, seine methylierten Ziel-Histone zu binden. Entinostat, ein HDAC-Inhibitor der Klasse I, erhöht die Histonacetylierung, was möglicherweise die Interaktion von BAZ2B mit methylierten Histonen beeinträchtigt. Quercetin hemmt Kinasen, die für die Phosphorylierung von BAZ2B verantwortlich sind, die für seine Aktivität notwendig ist, und reduziert dadurch indirekt seine Funktion. MG-132 verhindert den proteasomalen Abbau von Proteinen, was die für die Aktivität von BAZ2B notwendige Ubiquitin-abhängige Signalisierung beeinträchtigen könnte. Schließlich konkurriert I-CBP112 mit BAZ2B um die Bindung an acetylierte Lysine auf Histonen, da es die Bromodomänen von CBP/p300 hemmt und so die Chromatinbindung von BAZ2B und dessen Funktion behindert.
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