Gli inibitori chimici di ZNF354C agiscono attraverso diversi meccanismi molecolari per inibire l'attività di questa proteina. La cheleritrina e la bisindolilmaleimide I hanno come bersaglio la protein chinasi C (PKC), una chinasi responsabile della fosforilazione di molte proteine, tra cui ZNF354C. Inibendo la PKC, questi composti possono impedire la fosforilazione di ZNF354C, che è una modifica post-traslazionale cruciale necessaria per la sua attività. Analogamente, la genisteina inibisce l'attività delle tirosin-chinasi, enzimi che catalizzano il trasferimento di un gruppo fosfato dall'ATP a un residuo di tirosina in una proteina. Poiché l'attività di ZNF354C è regolata dalla fosforilazione, l'azione della genisteina può portare a una diminuzione dell'attività di ZNF354C impedendo questa modifica.
Inoltre, PD 98059 e U0126 agiscono a monte di ZNF354C inibendo le proteine chinasi attivate dal mitogeno (MAPK/ERK) e MEK1/2, rispettivamente. Questi enzimi fanno parte di una cascata di segnalazione che è spesso necessaria per l'attivazione di varie proteine, tra cui ZNF354C. L'inibizione di questa via da parte di PD 98059 e U0126 può ridurre lo stato di attivazione di ZNF354C. LY294002 e Wortmannin esercitano i loro effetti inibendo le fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), coinvolte in molte funzioni cellulari, tra cui l'attivazione delle proteine attraverso la fosforilazione. Anche la staurosporina, un potente inibitore di chinasi, può ridurre l'attività di ZNF354C inibendo la chinasi responsabile della sua attivazione. Infine, la selettività di PP2 per le tirosin-chinasi della famiglia Src può portare all'inibizione di ZNF354C. SP600125 e SB203580 hanno come bersaglio rispettivamente le vie della JNK e della p38 MAP chinasi e, così facendo, possono inibire ZNF354C.
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