ZNF100の化学的阻害剤は、様々なメカニズムで阻害効果を発揮し、このタンパク質が関与する必須細胞プロセスを阻害する。パクリタキセルは微小管を安定化させることにより、ZNF100を含む様々なタンパク質の機能にとって基本的なプロセスである細胞分裂を阻害することができる。ZNF100が有糸分裂の機能に関与している細胞では、微小管の分解が阻害されることにより、このタンパク質が細胞分裂に寄与する能力が効果的に阻害される。同様に、エトポシドとカンプトテシンは、それぞれDNAトポイソメラーゼIIとIを標的とすることにより、DNA損傷とそれに続く細胞周期の停止を引き起こす。これは、細胞周期の制御やDNA損傷応答においてZNF100に依存している細胞に影響を与え、間接的にタンパク質の機能を阻害する。マイトマイシンCは、DNAを架橋する能力を通じて、この一連の阻害剤に貢献し、それによってZNF100の活性にとって重要な複製と転写のプロセスを阻害する。
タンパク質のホメオスタシスの領域では、MG132とボルテゾミブがプロテアソーム経路を破壊し、ポリユビキチン化タンパク質の蓄積を引き起こす。この蓄積は、ZNF100のようなタンパク質がプロテオスタシスの制御に関与している場合、特に悪影響を及ぼし、機能阻害をもたらす。シクロヘキシミドはタンパク質の生合成を阻害することにより、このカテゴリーに加わり、活発に分裂している細胞におけるZNF100の合成を阻害する。トリコスタチンAによるヒストン脱アセチル化酵素の阻害は、クロマチン構造および遺伝子発現を変化させる。リソソームの酸性化に影響を与えるクロロキンは、もしタンパク質がその制御をリソソーム分解経路に依存している場合、ZNF100の機能を阻害する可能性もある。
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