Os inibidores químicos da ZNF100 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos, interrompendo processos celulares essenciais em que esta proteína participa. O paclitaxel, ao estabilizar os microtúbulos, pode interromper a divisão celular, um processo fundamental para a função de várias proteínas, incluindo a ZNF100. Nas células em que a ZNF100 está envolvida em funções mitóticas, a prevenção da desmontagem dos microtúbulos impede efetivamente a capacidade da proteína de contribuir para a divisão celular. Do mesmo modo, o etoposido e a camptotecina, ao visarem as topoisomerases II e I do ADN, respetivamente, provocam danos no ADN e a subsequente paragem do ciclo celular. Isto afecta as células que dependem do ZNF100 para a regulação do ciclo celular ou da resposta aos danos no ADN, inibindo assim indiretamente a função da proteína. A mitomicina C contribui para este conjunto de inibidores através da sua capacidade de reticular o ADN, impedindo assim a replicação e os processos de transcrição críticos para a atividade da ZNF100.
No domínio da homeostase proteica, o MG132 e o bortezomib perturbam a via do proteassoma, conduzindo a uma acumulação de proteínas poliubiquitinadas. Esta acumulação pode ter efeitos particularmente adversos em proteínas como a ZNF100, se esta estiver implicada na regulação da proteostase, resultando numa inibição funcional. A ciclo-heximida acrescenta-se a esta categoria ao inibir a biossíntese de proteínas, obstruindo assim a síntese de ZNF100 em células em divisão ativa. A inibição das histonas desacetilases pela tricostatina A modifica a arquitetura da cromatina e a expressão dos genes, o que pode inibir o ZNF100 se a sua função depender da expressão de um conjunto específico de genes. A cloroquina, que afecta a acidificação lisossomal, pode também perturbar a função da ZNF100 se a proteína depender de vias de degradação lisossomal para a sua regulação.
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