Les activateurs chimiques du TRM11 peuvent déclencher diverses voies de signalisation intracellulaires qui entraînent la modification et l'activation de la protéine. Le chlorure de zinc et le sulfate de cuivre (II) servent d'activateurs directs en se liant à TRM11 et en modifiant potentiellement sa conformation. La présence d'ions zinc est connue pour stabiliser la structure des protéines comportant des motifs en doigt de zinc, ce qui peut renforcer l'activité catalytique. De même, les ions cuivre, lorsqu'ils servent de cofacteur, participent activement aux fonctions catalytiques de la TRM11, telles que le transfert de groupes méthyle à ses substrats. Le fluorure de sodium, la forskoline et le phorbol 12-myristate 13-acétate (PMA) activent les kinases qui ciblent la TRM11. Le fluorure de sodium active les kinases qui peuvent conduire à la phosphorylation de la TRM11, renforçant ainsi son activité. La forskoline augmente les niveaux d'AMPc, activant la protéine kinase A (PKA) qui peut alors phosphoryler la TRM11, entraînant une augmentation de l'activité enzymatique. La PMA, quant à elle, active la protéine kinase C (PKC), qui phosphoryle et active également la TRM11.
L'ionomycine, la thapsigargin et la calmoduline sont des substances chimiques qui perturbent l'homéostasie du calcium et peuvent donc entraîner la phosphorylation et l'activation de TRM11 par des voies dépendantes du calcium. L'ionomycine augmente les niveaux de calcium intracellulaire, activant potentiellement les protéines répondant au calcium qui modifient TRM11. La thapsigargin perturbe le stockage du calcium, entraînant des effets en aval similaires à ceux de l'ionomycine. La calmoduline, lorsqu'elle est liée au calcium, active diverses kinases ou protéines de liaison au calcium qui peuvent cibler TRM11. En outre, le peroxyde d'hydrogène active les kinases liées au stress oxydatif, ce qui peut entraîner la phosphorylation de la TRM11 si elle est sensible à l'oxydoréduction. La S-Nitroso-N-acetyl-DL-penicillamine (SNAP) libère de l'oxyde nitrique, qui active les protéines kinases dépendantes du GMPc qui peuvent phosphoryler et activer TRM11. L'ATP est essentiel à l'activité des kinases car il fournit les groupes phosphates pour la phosphorylation, ce qui affecte directement l'état d'activation de TRM11. Enfin, le MG132, un inhibiteur du protéasome, peut conduire à l'accumulation de protéines ubiquitinées, ce qui pourrait indirectement augmenter l'activité de TRM11 s'il est impliqué dans des processus médiés par l'ubiquitine.
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