TMX3の化学的阻害剤は様々なメカニズムで機能し、小胞体(ER)でのタンパク質の役割を破壊する。Tunicamycinは、ドリコール結合オリゴ糖の形成を阻害することにより、TMX3を含む多くの小胞体タンパク質の適切なフォールディングと機能に不可欠なプロセスであるN-結合型グリコシル化の初期段階を阻害する。その結果、この阻害はTMX3が糖タンパク質を適切に折り畳み成熟させる能力を損なうことになる。ブレフェルジンAは、TMX3のような小胞体タンパク質の輸送と機能的局在に重要なADPリボシル化因子を阻害することによって、小胞体からゴルジ体への輸送を標的とする。この経路が阻害されると、TMX3が不適切に局在したり成熟しなかったりするため、TMX3の機能阻害につながる可能性がある。エヤレスタチンIとDBeQはともにER関連分解(ERAD)に関与する成分を標的とし、前者はp97 ATPaseと関連する脱ユビキチン化酵素を阻害し、後者はp97を選択的に阻害する。これらの阻害剤は、ミスフォールディングしたタンパク質の蓄積を引き起こし、その結果、ER内でのTMX3のフォールディング能力をオーバーロードさせる可能性がある。
TMX3のシャペロン活性をさらに阻害するのは、ERのカルシウム恒常性を阻害する化学物質である。シクロピアゾン酸とタプシガルギンはともに小胞体/小胞体Ca2+-ATPase(SERCA)を阻害し、カルシウムレベルの変化をもたらすが、これはTMX3のフォールディング環境に深刻な影響を与える。ルテニウムレッドとBAPTAは、それぞれカルシウムチャネルをブロックし、細胞内カルシウムをキレート化することにより、TMX3のカルシウム依存性機能も破壊する。MG132はプロテアソームを阻害することで小胞体にストレスを与え、タンパク質の蓄積を引き起こし、TMX3の活性を含むタンパク質の折り畳み機構を圧倒する。E-64によるシステインプロテアーゼの阻害は、小胞体ストレスを助長することによって間接的にTMX3に影響を与え、タンパク質のフォールディング環境を阻害する。最後に、Ceapin-A7とExo1は、上流のプロセスに影響を与えることによって間接的にTMX3を阻害する。Ceapin-A7は、小胞体ストレス応答の重要な制御因子であるATF6αシグナルを阻害し、Exo1は、特定のタンパク質の小胞体への輸送を阻害し、TMX3のタンパク質のフォールディング能力に挑戦する環境に導く可能性がある。
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