Gli inibitori chimici del recettore Toll-like 13 (TLR13) funzionano attraverso vari meccanismi per interrompere la normale via di segnalazione di questo recettore immunitario innato. La clorochina, la chinacrina e l'idrossiclorochina agiscono aumentando il pH degli endosomi. Questo innalzamento del pH compromette il processo di maturazione dell'endosoma, che è una fase critica per il riconoscimento da parte del TLR13 dei suoi ligandi RNA. Senza un adeguato riconoscimento, la cascata di segnalazione che segue il legame con il ligando viene interrotta. L'agente lisosomotropico cloruro di ammonio innalza analogamente il pH endosomiale, determinando un effetto inibitorio comparabile sulla segnalazione di TLR13. La monensina, uno ionoforo, interrompe i gradienti di pH alterando l'equilibrio ionico necessario per l'acidificazione endosomiale, inibendo indirettamente il processo di riconoscimento essenziale per l'attivazione del TLR13.
D'altra parte, la Bafilomicina A1 e la Concanamicina A hanno come bersaglio la H+-ATPasi di tipo vacuolare (V-ATPasi), una pompa protonica che acidifica gli endosomi. Inibendo la V-ATPasi, questi composti impediscono all'endosoma di raggiungere il pH acido necessario al TLR13 per rilevare i suoi ligandi. E-64 e Z-VAD-FMK, entrambi inibitori delle proteasi, interferiscono con l'elaborazione proteolitica all'interno degli endosomi. Questa elaborazione è spesso un prerequisito per la corretta presentazione e il riconoscimento dei ligandi da parte del TLR13. Anche la peptatina A, un inibitore della proteasi aspartica, interrompe questa attività proteolitica critica all'interno dell'endosoma. La nistatina influisce sull'integrità della membrana endosomiale, che può interferire con il riconoscimento dei ligandi da parte del TLR13. Infine, U18666A modifica la composizione della membrana endosomiale inibendo il trasporto del colesterolo, il che può alterare l'ambiente di membrana necessario per la segnalazione mediata dal TLR13. Ciascuna di queste sostanze chimiche, influenzando l'ambiente endosomiale o i processi al suo interno, può interrompere l'attività del TLR13, bloccando la capacità del recettore di segnalare efficacemente al momento del riconoscimento del ligando.
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