Os inibidores químicos da proteína Tim22 funcionam perturbando os processos mitocondriais essenciais para a sua atividade de importação de proteínas. A antimicina A, por exemplo, tem como alvo o Complexo III da cadeia de transporte de electrões, impedindo a respiração mitocondrial e a produção de ATP, de que a Tim22 depende para a translocação de proteínas. Com um mecanismo semelhante, a Oligomicina A e a Oligomicina ligam-se à ATP sintase, bloqueando a produção de ATP e privando assim o Tim22 da energia necessária para funcionar. A Venturicidina A também inibe a ATP sintase, mas fá-lo obstruindo a translocação de protões através da região F_o, que é crucial para a síntese de ATP. Esta ação resulta numa redução do fornecimento de ATP, inibindo assim a função do Tim22.
Além disso, a CCCP actua como um protonóforo para dissipar o gradiente de protões, que é fundamental para manter o potencial de membrana que Tim22 utiliza para o seu mecanismo de importação de proteínas. Aurovertina B, ao ligar-se à subunidade β da F_1-ATPase, impede a formação de ATP, afectando a atividade de translocase de Tim22. A concanamicina A interrompe os gradientes de protões ao inibir a ATPase do tipo V, conduzindo a um resultado semelhante ao da CCCP. A Rotenona e a Piericidina A inibem o Complexo I, reduzindo o gradiente de protões necessário para a síntese de ATP, o que, por sua vez, afecta a atividade de Tim22. Por último, o ácido bongkrekic e a atovaquona perturbam a função do Tim22 através dos seus efeitos no translocador de nucleótidos de adenina e no Complexo III, respetivamente, impedindo a troca ADP/ATP através da membrana interna mitocondrial ou interferindo com o componente citocromo b, ambos cruciais para a síntese de ATP e, consequentemente, para o funcionamento do Tim22.
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