Os inibidores químicos da SPATA21 funcionam através de diversos mecanismos para interromper a sua atividade nas células. A tricostatina A e o bortezomib funcionam modulando a estabilidade e o estado de modificação das proteínas. A tricostatina A, um inibidor da histona desacetilase, pode alterar o estado de acetilação das histonas ligadas à SPATA21, alterando potencialmente a estrutura da cromatina e reduzindo a acessibilidade dos genes à transcrição. O bortezomib, tal como o MG132, inibe o sistema proteasoma, responsável pela degradação das proteínas. Esta inibição pode levar à acumulação de proteínas reguladoras que interagem com a SPATA21, inibindo assim a sua função. O MG132, de forma semelhante, pode impedir a degradação das proteínas reguladoras da SPATA21, permitindo-lhes inibir a atividade da SPATA21 através da estabilização de complexos inactivos ou influenciando as vias de sinalização.
Para além destes, o LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores da PI3K, podem perturbar as vias de sinalização a jusante que regulam a SPATA21. Ao inibir a PI3K, estes produtos químicos podem alterar a localização ou as modificações pós-traducionais da SPATA21, conduzindo a uma inibição funcional. A rapamicina, um inibidor da mTOR, actua mais a jusante, afectando as vias de síntese proteica que podem regular a SPATA21. O SB203580 e o SP600125 visam as vias MAPK, com o SB203580 a inibir a p38 MAPK e o SP600125 a visar a JNK, podendo ambos influenciar indiretamente a atividade da SPATA21 através das vias de sinalização activadas pelo stress e da apoptose. O PD98059 e o U0126, ambos inibidores da via MEK, impedem a ativação da ERK, que também pode regular a SPATA21. Por último, o KN-93 e o PP2 têm como alvo a sinalização de cinase, com o KN-93 a inibir a CaMKII e o PP2 a inibir as cinases da família Src, podendo ambos afetar a atividade do SPATA21 através de várias vias de sinalização.
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