Sm 蛋白的化学抑制剂会破坏对这些蛋白在 RNA 剪接过程中发挥正常功能至关重要的各种细胞过程。阿米洛利可抑制 Na+/H+ 交换过程,从而改变细胞内的 pH 值,而这对维持 Sm 蛋白组装成剪接体 snRNPs 所需的环境至关重要。同样,莫能菌素作为一种离子诱导剂,会破坏 Na+ 梯度,而 Na+ 梯度对维持离子条件至关重要,这种离子条件有利于含 Sm 蛋白的复合物的生物生成和功能。氯喹会提高酸性囊泡内的 pH 值,从而干扰 snRNPs 的胞内运输,而 snRNPs 对 Sm 蛋白在细胞核中的功能至关重要。喜树碱和米托蒽醌这两种 DNA 破坏剂可通过抑制拓扑异构酶间接影响 Sm 蛋白,从而导致转录紊乱,而转录紊乱是 snRNP 颗粒正常组装的先决条件。
此外,放线菌素 D 会与 DNA 结合,阻止 RNA 聚合酶转录新的 RNA,而新的 RNA 包括 snRNP 组装所需的 RNA 成分,因此也会影响 Sm 蛋白的功能。利福平虽然主要针对细菌 RNA 聚合酶,但也会导致真核细胞中的 RNA 合成减少,从而导致可用于 Sm 蛋白结合的 snRNA 减少。嘌呤霉素会破坏蛋白质合成,从而降低 snRNP 组装所需的蛋白质水平,包括 Sm 蛋白。雷公藤内酯抑制转录会导致 snRNA 水平降低,从而影响 snRNPs 中 Sm 蛋白的功能。Leptomycin B 以从细胞核中输出 RNA/蛋白质复合物为目标,可能会破坏 Sm 蛋白的循环过程。Brefeldin A 会破坏高尔基体,从而改变 Sm 蛋白发挥功能所需的转运和修饰途径,间接影响 Sm 蛋白。最后,奥沙利铂形成的 DNA 加合物可影响转录,通过影响 snRNPs 的 RNA 成分间接影响 Sm 蛋白的功能。
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