Os inibidores químicos do SEL-10 podem interferir com a capacidade da proteína para facilitar a ubiquitinação e a subsequente degradação das proteínas alvo. A emodina, por exemplo, perturba a via ubiquitina-proteassoma ao alterar a atividade das enzimas do proteassoma, levando à acumulação de proteínas que normalmente seriam degradadas. Esta acumulação inibe indiretamente a função do SEL-10. Do mesmo modo, a cloroquina, ao prejudicar a função lisossómica e a autofagia, afecta indiretamente o papel do SEL-10, uma vez que ambos os processos estão envolvidos na degradação de componentes celulares, incluindo os visados pelo SEL-10. Os inibidores do proteassoma, como o MG132, a Lactacistina, o Bortezomib, o Carfilzomib, o Ixazomib, o Oprozomib e a Epoxomicina, contribuem todos para a inibição do SEL-10, impedindo o proteassoma de degradar os substratos ubiquitinados. Esta estabilização dos substratos de SEL-10 ocorre porque estes inibidores bloqueiam a atividade proteolítica que normalmente reduziria os níveis destas proteínas.
Outros compostos como a Withaferin A e o Celastrol exercem os seus efeitos de forma semelhante, impedindo a atividade proteasomal, que é crucial para o processo de degradação do qual o SEL-10 faz parte. A curcumina também é conhecida por inibir o proteassoma, resultando em níveis aumentados de substratos de SEL-10 dentro da célula. Esta acumulação indica que o SEL-10 é incapaz de desempenhar a sua função normal de direcionar estas proteínas para a degradação. O traço comum entre estes inibidores químicos é a sua capacidade de perturbar a via normal da ubiquitina-proteassoma, levando à estabilização de proteínas que o SEL-10 normalmente ajudaria a virar, inibindo assim indiretamente o papel funcional do SEL-10.
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