Gli inibitori chimici di SART3 possono interrompere la sua funzione nello splicing dell'RNA prendendo di mira varie chinasi che svolgono un ruolo nella regolazione del ciclo cellulare e nell'elaborazione dell'RNA. L'alsterpaullone, ad esempio, è noto per inibire le chinasi ciclina-dipendenti (CDK), fondamentali per la regolazione del ciclo cellulare. Poiché le CDK possono anche regolare i fattori di elaborazione dell'RNA, l'inibizione da parte dell'alsterpaullone può portare a una riduzione dell'attività di SART3 nello splicing dell'RNA. Analogamente, la roscovitina e il flavopiridolo, entrambi potenti inibitori delle CDK, possono interferire con i regolatori trascrizionali e con la RNA polimerasi II, inibendo ulteriormente la funzione di splicing della SART3. L'indirubina-3'-monoxima e l'olomoucina, anch'esse bersaglio delle CDK, possono influenzare lo stato di fosforilazione delle proteine coinvolte nell'elaborazione dell'RNA, ostacolando così il ruolo di SART3 nell'assemblaggio dello spliceosoma.
Parallelamente, la bisindolilmaleimide I e il Ro-31-8220 inibiscono la protein chinasi C (PKC), implicata nelle vie di segnalazione che regolano l'elaborazione dell'RNA. L'inibizione della PKC da parte di queste sostanze chimiche interrompe queste vie e può diminuire l'attività di SART3 nello splicing dell'RNA. L'H-7, che inibisce non solo la PKC ma anche altre chinasi come la PKA e la PKG, può portare a risultati simili. Altri inibitori chimici come SP600125, che ha come bersaglio la c-Jun N-terminal kinase (JNK), possono influenzare indirettamente i fattori di splicing dell'RNA e quindi ostacolare la funzione di SART3. Inoltre, la 5-Iodotubercidina inibisce l'adenosina chinasi, che può influenzare gli enzimi di elaborazione dell'RNA a causa di cambiamenti nei livelli cellulari di adenosina, influenzando quindi il ruolo di SART3 nell'assemblaggio dello spliceosoma. Infine, K252a, sebbene sia stato studiato principalmente nel contesto dei recettori delle neurotrofine, può influenzare vie di chinasi più ampie e quindi avere un impatto sullo splicing dell'RNA, influenzando la funzione di SART3. Ciascuno di questi inibitori, attraverso i rispettivi bersagli, può contribuire alla riduzione dell'attività di SART3 nel processo di splicing dell'RNA.
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