Os activadores químicos da SAMD3 podem modular a sua atividade através de várias vias bioquímicas. Sabe-se que a forskolina estimula diretamente a adenilil ciclase, o que aumenta os níveis de AMP cíclico (cAMP) no interior da célula. Este aumento do AMPc pode então ativar a proteína quinase A (PKA), uma quinase que tem a capacidade de fosforilar a SAMD3, levando à sua ativação. Da mesma forma, o 8-Br-cAMP, um análogo sintético do AMPc, pode penetrar nas membranas celulares e ativar a PKA, que depois fosforila a SAMD3. Outro composto, o 12-miristato 13-acetato de forbol (PMA), funciona activando a proteína quinase C (PKC). Quando a PKC está ativa, pode fosforilar a SAMD3, aumentando assim a sua atividade. O cloreto de zinco tem um papel diferente; os iões de zinco podem ligar-se a locais específicos da SAMD3, provocando uma alteração conformacional que pode ativar a proteína.
Além disso, a ionomicina e o A23187, ambos ionóforos de cálcio, aumentam a concentração intracelular de iões de cálcio, que podem então ativar as proteínas quinases dependentes do cálcio. Estas cinases têm a capacidade de fosforilar a SAMD3, alterando a sua atividade. A tapsigargina contribui para o aumento dos níveis de cálcio intracelular inibindo a Ca2+ ATPase do retículo sarco/endoplasmático (SERCA), o que resulta na ativação da SAMD3 através da fosforilação mediada pelo cálcio. A S-Nitroso-N-acetilpenicilamina (SNAP) liberta óxido nítrico no interior da célula e pode levar à S-nitrosilação da SAMD3, uma modificação covalente que a ativa. O peróxido de hidrogénio, como fonte de espécies reactivas de oxigénio, pode induzir modificações oxidativas da SAMD3, que podem afetar a sua função. Por outro lado, o dibutiril-AMP, outro análogo do AMPc, pode difundir-se nas células e ativar a PKA, provocando a fosforilação e a consequente ativação da SAMD3. Por último, o ácido ocadaico e a calicilina A, ambos inibidores das proteínas fosfatases, levam à fosforilação sustentada de proteínas como a SAMD3, impedindo a sua desfosforilação, mantendo assim a SAMD3 num estado ativo.
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