Os inibidores químicos do RWDD2A podem exercer os seus efeitos através de vários mecanismos, principalmente visando os processos de regulação do ciclo celular, replicação do ADN e reparação do ADN em que o RWDD2A está envolvido. A alsterpaulona, a olomoucina e a roscovitina são todos inibidores da quinase dependente da ciclina e podem inibir a RWDD2A, paralisando o ciclo celular. Uma vez que o RWDD2A está implicado na replicação e reparação do ADN, estes inibidores podem perturbar a sua função, impedindo a célula de progredir através das fases necessárias em que o RWDD2A estaria normalmente ativo. A afidicolina, outro inibidor, tem como alvo a ADN polimerase, inibindo assim o RWDD2A ao impedir a forquilha de replicação onde o RWDD2A pode ser necessário para a síntese e reparação adequadas do ADN.
Além disso, compostos como a Camptotecina e o Etoposido actuam inibindo as topoisomerases I e II do ADN, respetivamente. Estas enzimas são cruciais para o desenrolar e o rebobinar das cadeias de ADN e a sua inibição pode suprimir o RWDD2A, perturbando os mecanismos de reparação do ADN em que o RWDD2A pode desempenhar um papel. A mitoxantrona e a bleomicina levam à perturbação da replicação e reparação do ADN, áreas em que a atividade do RWDD2A é necessária, intercalando-se nas cadeias de ADN e induzindo quebras no ADN. A actinomicina D liga-se ao ADN, inibindo assim os processos de transcrição que poderiam envolver o RWDD2A. Da mesma forma, a Daunorrubicina e a Doxorrubicina interferem no ADN através da intercalação e da inibição da topoisomerase II, actividades que podem suprimir o papel do RWDD2A nas vias de replicação e reparação do ADN. Por último, a mitomicina C exerce o seu efeito inibidor através da ligação cruzada das cadeias de ADN, interrompendo assim os processos precisos de replicação e reparação do ADN em que o RWDD2A está envolvido, levando à inibição funcional do RWDD2A.
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