Os inibidores químicos da Rpp21 podem afetar o seu papel no processamento do ARNt através de várias vias bioquímicas. O alopurinol inibe a xantina oxidase, uma enzima vital para o metabolismo das purinas, levando à alteração dos níveis de nucleótidos, que são substratos cruciais para a síntese do ARNt, afectando assim a função da Rpp21. A ribavirina e o ácido micofenólico têm como alvo a inosina monofosfato desidrogenase, reduzindo o conjunto de nucleótidos de guanina necessários para a maturação do ARNt, afectando indiretamente a atividade da Rpp21. Do mesmo modo, a inibição da mesma enzima pela tiazofurina pode resultar na redução da síntese de nucleótidos de guanina, perturbando o equilíbrio dos nucleótidos necessários para o processamento do ARN. O 5-fluorouracilo incorpora-se nas moléculas de ARN, interferindo com a integridade do ARN e, consequentemente, com a atividade de processamento do ARN da Rpp21. O metotrexato perturba a dihidrofolato redutase, conduzindo a uma escassez de timidilato e, consequentemente, afectando os processos dependentes do folato, incluindo a síntese e o processamento do ARN, em que a Rpp21 desempenha um papel fundamental.
Além disso, a 6-Mercaptopurina e o seu pró-fármaco Azatioprina interferem com as enzimas da via de síntese das purinas e a sua incorporação nos ácidos nucleicos pode perturbar o processamento do ARN, inibindo assim a função da Rpp21. A cladribina altera a síntese e a reparação do ADN, o que pode inibir indiretamente a Rpp21 ao afetar os pools de nucleótidos. A hidroxiureia tem como alvo a ribonucleótido redutase, crucial para o fornecimento de desoxirribonucleótidos e, embora afecte principalmente a síntese de ADN, também pode ter consequências para as vias de processamento do ARN que envolvem a Rpp21. A clofarabina e a fludarabina, análogos de nucleósidos de purina, inibem a ribonucleótido redutase e as polimerases do ADN, levando à inibição da reparação e replicação do ADN, o que, por sua vez, pode afetar o envolvimento da Rpp21 no processamento do ARN devido a alterações nos pools de nucleótidos celulares. Estes diversos inibidores químicos, através das suas interacções bioquímicas distintas, demonstram a intrincada relação entre a síntese e a disponibilidade de nucleótidos e o papel funcional da Rpp21 no processamento do ARNt.
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