Os inibidores químicos da Prpmp5 têm como alvo várias vias de sinalização para conseguir a inibição funcional da proteína. A bisindolilmaleimida I e o Ro-31-8220, como inibidores específicos da proteína quinase C (PKC), interrompem a sinalização a jusante necessária para a função da Prpmp5. A PKC é parte integrante dos eventos de fosforilação que podem ativar proteínas como a Prpmp5 e, quando a sua atividade é impedida por estes inibidores, a Prpmp5 é incapaz de funcionar corretamente. Do mesmo modo, o Gö6976 e o KN-93, ambos inibidores selectivos da proteína quinase II dependente de cálcio/calmodulina (CaMKII), obstruem as vias de sinalização do cálcio que são vitais para a atividade da Prpmp5. Uma vez que a CaMKII é crucial para várias cascatas de sinalização, a sua inibição por estes químicos pode levar a uma diminuição da função da Prpmp5.
Além disso, a potente inibição da proteína quinase A (PKA) pelo H-89 significa que todas as vias mediadas pela PKA em que a Prpmp5 se baseia ficariam comprometidas, levando à redução da atividade da Prpmp5. O Y-27632, um inibidor seletivo da proteína cinase associada a Rho (ROCK), e o PD 98059, um inibidor da proteína cinase activada por mitogénio (MEK), interferem ambos com as respectivas vias de cinase. A ação do Y-27632 sobre a ROCK afecta a organização do citoesqueleto, que pode ser crítica para a atividade da Prpmp5, enquanto o impacto do PD 98059 sobre a MEK perturba a via MAPK/ERK, um potencial regulador da Prpmp5. A inibição específica da p38 MAP quinase pelo SB 203580, a inibição da fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K) pelo LY294002 e pela Wortmannin e a inibição selectiva da MEK pelo U0126 contribuem para perturbar ainda mais o ambiente regulador necessário à atividade da Prpmp5. A via PI3K, afetada por LY294002 e Wortmannin, é parte integrante da sinalização AKT, que desempenha um papel significativo em vários processos celulares que podem ser essenciais para a função de Prpmp5. Por último, a inibição da c-Jun N-terminal kinase (JNK) pelo SP600125 afecta as vias de sinalização MAPK que modulam indiretamente o ambiente em que Prpmp5 funciona. Ao visar estas cinases e vias específicas, cada inibidor químico contribui para a inibição funcional global da Prpmp5.
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