A fase inicial da descoberta de activadores da PRAMEF23 envolveria estudos detalhados da estrutura e função da proteína. Se a estrutura tridimensional da proteína tiver sido resolvida, isso fornecerá informações sobre potenciais locais de ligação que poderiam ser alvo de pequenas moléculas para modular a sua atividade. Para elucidar a estrutura da proteína, podem ser utilizadas técnicas como a cristalografia de raios X, a microscopia crioelectrónica ou a espetroscopia NMR. Os ensaios bioquímicos e biofísicos ajudariam a compreender as interacções da PRAMEF23 no meio celular, incluindo o seu papel na regulação da expressão genética e quaisquer outros processos biológicos em que possa estar envolvida. Este conhecimento fundamental é essencial para a conceção racional de moléculas activadoras que possam visar e modular especificamente a função do PRAMEF23.
Após a identificação dos locais de ligação putativos, seria normalmente utilizado um processo de rastreio para identificar compostos iniciais que pudessem servir como activadores do PRAMEF23. Este rastreio de elevado rendimento implicaria testar bibliotecas de compostos químicos quanto à sua capacidade de se ligarem ao PRAMEF23 e de o activarem. Os resultados destes testes serão depois submetidos a um processo de otimização, em que a estrutura química dos compostos é sistematicamente modificada para melhorar a sua atividade, seletividade e propriedades celulares. Os químicos medicinais utilizam várias estratégias, como estudos de relação estrutura-atividade (SAR), para aperfeiçoar estas moléculas. O objetivo deste processo de otimização iterativo é desenvolver uma série de compostos que sejam eficazes na modulação da atividade do PRAMEF23. Esses compostos seriam ferramentas de investigação valiosas, permitindo um estudo mais aprofundado do papel biológico do PRAMEF23 e fornecendo informações sobre os mecanismos moleculares que este pode influenciar.
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