ポリシスティン-L2阻害剤には、ポリシスティン-L2が適切に機能するために重要なカルシウムホメオスタシスとシグナル伝達経路を変化させることによって阻害作用を発揮する様々な化学化合物が含まれる。これらの阻害剤には、酸化ストレスを誘発し、カルシウムシグナル伝達を混乱させるある種の有機溶媒が含まれ、カルシウム依存性のプロセスを制御する能力を損なうことによって、タンパク質の機能を低下させる可能性がある。カルシウムチャンネルブロッカーは、細胞内へのカルシウム流入を阻害することによって、ポリシスティン-L2の阻害に寄与するもう一つのクラスである。そうすることで、ポリシスティン-L2の活性の基本である細胞内カルシウムレベルを変化させ、細胞内シグナル伝達における機能的役割を低下させる可能性がある。さらに、イオン勾配、特にカルシウム勾配を乱すイオノフォアは、ポリシスティン-L2の活性化に必要な正確なカルシウムバランスを崩すことによって、ポリシスティン-L2の機能低下につながる可能性がある。
特定のカルシウム受容体やチャネルを標的とする選択的阻害剤もまた、ポリシスティン-L2を阻害するのに有用である。例えば、イノシトール三リン酸受容体のアンタゴニストは、ポリシスティン-L2が関与するカルシウムシグナル伝達経路の重要なステップである小胞体からのカルシウム放出に影響を与える。ポリシスティン-L2に影響を与えうる脱リン酸化過程に関与するリン酸化酵素であるカルシニューリンを阻害する化合物は、結果的にそのリン酸化状態を変化させることによってタンパク質の活性を低下させる。電解質フラックスに影響を与える化合物は、カルシウムバランスを全身的に変化させることにより、間接的にポリシスティン-L2の活性を低下させる可能性がある。さらに、リアノジン受容体の特異的拮抗薬は、小胞体/小胞体からのカルシウム放出を阻害し、ポリシスティン-L2シグナル伝達に重要であるため、その機能を阻害する可能性がある。複数のタイプのカルシウムチャネルをブロックする薬剤の使用は、細胞内でのカルシウムの進入と放出の両方を妨げることによってポリシスティン-L2の阻害をさらに支持し、このタンパク質がその活性をカルシウムシグナルに依存していることを強調している。
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