ラパマイシンは、オートファジーの重要な制御因子であるmTOR経路の阻害剤としてよく知られている。ラパマイシンによるmTORの阻害はオートファジーの誘導につながり、それによってPLEKHM1が重要なアダプタータンパク質であるプロセス、特にオートファゴソーム-リソソーム融合が促進される。PI3K阻害剤であるWortmanninとLY294002もまた、オートファジーとエンドソーム輸送を変化させることにより、これらの経路に影響を与える。これらの作用は、PLEKHM1の機能的関与に不可欠なプロセスであるオートファジーのフラックスやオートファゴソームの形成を調節することができる。3-MAとスパウチン-1の影響は、クラスIII PI3Kの標的化を通してPLEKHM1が間接的に活性化され、オートファジーに影響を与えることをさらに示している。V-ATPase阻害剤であるバフィロマイシンA1や、エンドソーム-リソソーム融合を阻害するクロロキンの場合、これらの化合物はリソソーム機能を破壊する。このような障害は、リソソームの輸送と酸性化過程に変化をもたらす可能性があり、これらの経路におけるPLEKHM1の機能的役割と密接に結びついている。
U18666Aのような化合物は、コレステロール輸送とエンドソームソーティングに影響を与え、PLEKHM1が働く細胞内環境を変化させる。同様に、NSC23766とML141は、それぞれRac1とCdc42を阻害することにより、細胞骨格ダイナミクスを阻害する。アクチン細胞骨格におけるこれらの変化は、膜輸送におけるPLEKHM1の役割に間接的に影響を与える可能性がある。ダイナソールとビンブラスチンは、小胞の排出と微小管の安定性に関与する基本的な細胞構造を破壊する。ダイナソアのダイナミン阻害剤としての機能は、小胞の分裂に影響し、エンドソーム輸送におけるPLEKHM1の役割を調節する可能性がある。ビンブラスチンは、細胞内輸送経路に不可欠な微小管を破壊し、PLEKHM1が関与するものを含む細胞内の輸送プロセス全体を変化させる可能性がある。
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